Protein–RNA interactions for Protein: Q9BWF2

TRAIP, E3 ubiquitin-protein ligase TRAIP, humanhuman

Predictions only

Length 469 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRAIPQ9BWF2 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRAIPQ9BWF2 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRAIPQ9BWF2 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRAIPQ9BWF2 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
TRAIPQ9BWF2 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
TRAIPQ9BWF2 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
TRAIPQ9BWF2 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC25.14■■□□□ 1.62
TRAIPQ9BWF2 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC25.12■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC25.08■■□□□ 1.61
TRAIPQ9BWF2 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
TRAIPQ9BWF2 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.1 ms