Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
VPS35Q96QK1 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.8 ms