Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC26.97■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.91
SYNE3Q6ZMZ3 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC26.95■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC26.94■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC26.93■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC26.91■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.9■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC26.9■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.9
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC26.88■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
SYNE3Q6ZMZ3 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 98.4 ms