Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
USP39Q53GS9 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
USP39Q53GS9 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
USP39Q53GS9 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.3 ms