Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC26.59■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC26.58■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
SMARCA1P28370 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC26.58■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC26.53■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
SMARCA1P28370 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
SMARCA1P28370 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.7 ms