Protein–RNA interactions for Protein: P20585

MSH3, DNA mismatch repair protein Msh3, humanhuman

Predictions only

Length 1,137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH3P20585 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
MSH3P20585 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH3P20585 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH3P20585 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH3P20585 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH3P20585 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH3P20585 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH3P20585 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH3P20585 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH3P20585 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH3P20585 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH3P20585 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH3P20585 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
MSH3P20585 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH3P20585 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH3P20585 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH3P20585 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH3P20585 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH3P20585 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH3P20585 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH3P20585 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH3P20585 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH3P20585 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH3P20585 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
MSH3P20585 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSH3P20585 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSH3P20585 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSH3P20585 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
MSH3P20585 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH3P20585 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH3P20585 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH3P20585 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH3P20585 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH3P20585 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH3P20585 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH3P20585 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH3P20585 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH3P20585 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH3P20585 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH3P20585 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH3P20585 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH3P20585 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
MSH3P20585 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH3P20585 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH3P20585 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH3P20585 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH3P20585 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH3P20585 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH3P20585 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH3P20585 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH3P20585 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH3P20585 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH3P20585 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH3P20585 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH3P20585 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH3P20585 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH3P20585 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH3P20585 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
MSH3P20585 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH3P20585 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH3P20585 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH3P20585 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH3P20585 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH3P20585 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH3P20585 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH3P20585 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH3P20585 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH3P20585 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH3P20585 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH3P20585 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
MSH3P20585 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
MSH3P20585 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSH3P20585 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSH3P20585 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSH3P20585 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSH3P20585 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
MSH3P20585 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSH3P20585 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
MSH3P20585 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH3P20585 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH3P20585 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH3P20585 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH3P20585 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH3P20585 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH3P20585 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH3P20585 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH3P20585 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH3P20585 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH3P20585 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH3P20585 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH3P20585 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH3P20585 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH3P20585 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH3P20585 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH3P20585 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
MSH3P20585 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH3P20585 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH3P20585 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH3P20585 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
MSH3P20585 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms