Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 AL157414.3-201ENST00000624276 1954 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TCHH-201ENST00000368804 6900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ADCYAP1R1-204ENST00000409489 1761 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 MED29-204ENST00000599213 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 LPAR5-201ENST00000329858 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 SLC29A1-204ENST00000371731 2258 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TPM3-208ENST00000341485 2063 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 GCC1-201ENST00000321407 4149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 PIGT-202ENST00000279036 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 SLC35C2-204ENST00000372230 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 SCFD2-201ENST00000388940 2221 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 GOLGA8M-201ENST00000563027 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 IGSF1-204ENST00000370903 4594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 CSF2RB-202ENST00000403662 4863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 GEMIN7-201ENST00000270257 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 MAGED4B-207ENST00000485287 2618 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 PLEKHN1-203ENST00000379410 2404 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ABCG2-201ENST00000237612 4479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 FLYWCH2-201ENST00000293981 915 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 DUPD1-201ENST00000338487 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 DSCR3-204ENST00000399001 821 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 SUN1-204ENST00000403868 978 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AL365255.1-202ENST00000413887 363 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 PCAT6-201ENST00000417262 748 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AP001058.1-201ENST00000423967 463 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ARHGEF26-AS1-201ENST00000467912 628 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 S100A14-206ENST00000476873 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AC129507.1-201ENST00000570711 1013 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 SHBG-212ENST00000575314 1146 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 DAAM2-201ENST00000274867 6194 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 SIGLEC5-201ENST00000534261 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 COPS7B-224ENST00000620578 2500 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 HNF4G-201ENST00000354370 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 RPS6KC1-201ENST00000366959 5454 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 RPS6KC1-202ENST00000366960 5490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ATXN10-202ENST00000381061 3135 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TNPO2-202ENST00000425528 5122 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TSC22D1-211ENST00000501704 4026 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TBC1D8-202ENST00000409318 3803 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 GJD2-201ENST00000290374 2889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 GAS2L2-203ENST00000618498 2655 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ETNPPL-201ENST00000296486 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 COX10-AS1-202ENST00000449363 1944 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ZNF683-201ENST00000349618 1610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 NFATC3-203ENST00000349223 6328 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TJP3-202ENST00000541714 3350 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 CYP4F11-202ENST00000326742 2877 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 IMPDH1-201ENST00000338791 2881 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 SLC1A7-206ENST00000620347 2873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 IMPDH1-217ENST00000626419 2862 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 PRPF38B-202ENST00000370022 1591 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 ANKLE2-210ENST00000542657 2446 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 HFE2-205ENST00000497365 1419 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 SP6-201ENST00000342234 3800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 BLOC1S2-202ENST00000370372 1249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AL161785.2-201ENST00000427080 966 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 KCNQ1DN-201ENST00000441418 1093 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 GCHFR-203ENST00000558670 412 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AC243964.2-202ENST00000591312 752 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 GPALPP1-207ENST00000611650 899 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 IFI27-206ENST00000612813 725 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 AC243829.4-204ENST00000616926 1115 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 CPSF7-205ENST00000439958 3524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TRAF1-201ENST00000373887 6324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 FGD5-AS1-202ENST00000424349 3792 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 TMCO3-202ENST00000434316 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 CYP2E1-201ENST00000252945 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 OAS1-202ENST00000445409 1684 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 SPDYE6-201ENST00000563237 1691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 CUX1-215ENST00000556210 4044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 SNX14-202ENST00000346348 3348 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
VPS39Q96JC1 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 C4B-201ENST00000425700 5237 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 SNX1-213ENST00000561026 1374 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 S1PR2-201ENST00000590320 3582 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 ZMYM3-206ENST00000373988 6021 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 KATNBL1-201ENST00000256544 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 CLK3P2-201ENST00000427566 1453 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
VPS39Q96JC1 KRT9-202ENST00000588431 1493 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.9 ms