Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 ST3GAL3-209ENST00000361400 2195 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 MEOX1-202ENST00000329168 2129 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 LCMT1-203ENST00000399069 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 RANBP1-208ENST00000430524 1389 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 FES-204ENST00000414248 2327 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 GLUD1-201ENST00000277865 3039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 MAGEA2-203ENST00000611557 2024 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ACYP1-201ENST00000238618 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 MUC1-203ENST00000342482 537 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ASNA1-201ENST00000357332 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 NCR3-202ENST00000376071 541 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 MIR1227-201ENST00000408484 88 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 VEGFB-202ENST00000426086 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ZNF124-204ENST00000491356 956 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 OSMR-AS1-202ENST00000512519 837 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 SBSN-202ENST00000518157 957 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 IKBKB-212ENST00000519735 1166 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AC009041.1-201ENST00000565401 544 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ZNF528-AS1-202ENST00000596746 929 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ZNF772-207ENST00000601768 482 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AP001065.2-201ENST00000617205 644 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 NR2F2-AS1-215ENST00000620029 1223 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 HCG27-201ENST00000383331 1720 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 INA-201ENST00000369849 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 DUS2-202ENST00000432752 1864 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 SVOPL-201ENST00000288513 1413 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 SCGN-203ENST00000612225 1402 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 JADE2-201ENST00000282605 2748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AC068946.1-202ENST00000318673 2745 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 CDH20-203ENST00000538374 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 SLC35A3-209ENST00000638338 2890 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ABHD14B-201ENST00000315877 2236 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 CD68-202ENST00000380498 1771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 XKR9-203ENST00000520030 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 C2CD4C-201ENST00000332235 3129 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 KCNQ5-207ENST00000403813 6539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 KLF10-201ENST00000285407 3097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 SERINC2-206ENST00000536859 2072 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 PORCN-204ENST00000361988 1672 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 SUPT4H1-201ENST00000225504 1489 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 PDE6G-201ENST00000331056 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 FCRLB-201ENST00000336830 1193 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 FCRLB-202ENST00000367944 1172 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 FCRLB-203ENST00000367945 1131 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AL606491.1-201ENST00000412797 483 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 OGFR-AS1-201ENST00000431361 668 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AC093484.1-201ENST00000441875 477 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AIPL1-211ENST00000576776 1190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AL022334.2-201ENST00000610000 484 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AL805961.1-201ENST00000642026 753 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ASAH1-210ENST00000520781 2245 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 C3orf33-205ENST00000534941 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 COLEC11-203ENST00000382062 1633 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AL022326.1-201ENST00000434516 1778 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 GPI-205ENST00000586425 1799 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 CDC25B-203ENST00000344256 3071 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 CELF4-223ENST00000603232 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 NUDT4-202ENST00000415493 4839 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 METTL17-221ENST00000556670 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 ILF2-201ENST00000361891 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 LINC02395-201ENST00000546821 3157 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 MAD2L2-206ENST00000376672 1002 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 SNHG14-206ENST00000450809 677 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 PPOX-204ENST00000462866 473 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AP001547.1-201ENST00000527440 374 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 NDUFC2-204ENST00000528164 561 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 PHBP15-201ENST00000574228 665 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AC011825.3-201ENST00000583184 565 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 BX537318.1-201ENST00000608290 1207 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 TDRD10-201ENST00000368480 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 NFYC-215ENST00000456393 1911 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 ZCCHC17-202ENST00000373714 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 JKAMP-202ENST00000356057 2524 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 PTGES3L-AARSD1-202ENST00000409103 1670 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 YY1AP1-201ENST00000295566 2626 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 NTF3-202ENST00000423158 1336 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 RAN-210ENST00000541630 1475 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 OR2K2-202ENST00000374428 1038 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AL109767.1-201ENST00000429450 564 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 TCERG1L-AS1-201ENST00000436942 472 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AC068134.1-201ENST00000441266 481 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 SIAH2-AS1-201ENST00000461943 441 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AC082651.4-201ENST00000483023 1852 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 NPLOC4-209ENST00000572760 946 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AL109837.1-201ENST00000603272 613 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 AC087045.2-201ENST00000606279 1003 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 STAT1-202ENST00000392322 2716 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 SIGLEC10-201ENST00000339313 2256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 CGGBP1-201ENST00000309534 4495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TCOF1Q13428 MAGED4-211ENST00000599522 2669 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
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