Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 PPIA-210ENST00000620047 827 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 SUV39H1-202ENST00000376687 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 P2RX5-207ENST00000551178 1863 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 LILRA2-203ENST00000391737 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 MAP4K1-208ENST00000589130 2654 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 PRAL-201ENST00000624952 3286 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 KIR3DL2-201ENST00000270442 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CUX1P39880 GPR176-205ENST00000561100 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 WDR90-201ENST00000293879 5488 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 BRD7P5-201ENST00000299197 1822 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 ADHFE1-203ENST00000396623 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 BRF1-206ENST00000446501 2858 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 MARK2-209ENST00000509502 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 MKS1-204ENST00000537529 2083 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 TMSB15A-201ENST00000289373 685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 PYY2-201ENST00000315776 282 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 S100A3-202ENST00000368713 856 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC112487.1-201ENST00000498032 1097 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC095040.1-201ENST00000513286 675 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC135782.2-201ENST00000562040 472 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 SRRM2-205ENST00000570971 1132 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 DRG2-220ENST00000583355 891 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AP005131.2-201ENST00000589045 487 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC140113.1-201ENST00000603467 169 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 APTX-211ENST00000463596 1345 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 ALG11-203ENST00000523764 1404 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 DHODH-201ENST00000219240 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 ERCC1-208ENST00000589165 1453 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC023632.2-201ENST00000523011 1789 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 ERG-207ENST00000398919 1868 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 SLC25A35-202ENST00000577745 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 TXNDC11-202ENST00000356957 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 WFIKKN2-202ENST00000426127 2193 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CUX1P39880 GSN-206ENST00000394353 2311 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 MAD1L1-203ENST00000402746 2355 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 COL25A1-201ENST00000399126 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 GON7-201ENST00000306954 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 GTF3C6-201ENST00000329970 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC108734.2-201ENST00000420887 1069 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC156455.1-203ENST00000423999 893 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC233724.6-201ENST00000503184 1088 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 NAA40-205ENST00000539656 577 ntTSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 RN7SL357P-201ENST00000581065 298 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC011247.3-201ENST00000603297 438 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 LINC00339-208ENST00000634934 1518 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 STRA6-205ENST00000432245 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC019205.2-202ENST00000441363 2403 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC006504.5-208ENST00000588784 2401 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 FDFT1-224ENST00000618539 2660 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CUX1P39880 GOLGA8R-201ENST00000327271 1896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 TMBIM7P-203ENST00000641617 1718 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 NIPAL3-202ENST00000339255 1676 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 AL358216.1-201ENST00000451601 1657 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 AC004805.1-201ENST00000577662 1616 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 COX14-201ENST00000317943 708 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 Metazoa_SRP.4-201ENST00000366232 298 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 IGHV4-39-201ENST00000390619 425 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 AL663074.1-201ENST00000436642 299 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 AL020996.1-201ENST00000442055 435 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 AC009163.3-201ENST00000563554 852 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 SIGLEC22P-201ENST00000599104 714 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 AP000322.3-201ENST00000608665 388 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 CYTH1-201ENST00000361101 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 CYTH1-202ENST00000446868 3311 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 C12orf56-207ENST00000543942 3242 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 H2AFV-201ENST00000222690 3804 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 ZNF174-201ENST00000268655 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 NOP2-222ENST00000617555 2017 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 SRSF5-203ENST00000553521 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 HGNC:24955-201ENST00000303177 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 OPRM1-201ENST00000229768 1465 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 OPRM1-207ENST00000428397 1481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 LINC02537-201ENST00000635943 1367 ntTSL 4 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 SUDS3-204ENST00000543473 4897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 LCE3B-201ENST00000335633 288 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 GCSHP3-201ENST00000431120 391 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 ASGR2-203ENST00000446679 879 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 AC024293.1-201ENST00000467930 498 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 FAM60A-207ENST00000542983 738 ntTSL 4 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 SLC25A21-203ENST00000555449 1023 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 MIR4472-1-201ENST00000584349 80 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
CUX1P39880 MARK2-203ENST00000377810 4560 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CUX1P39880 C3orf52-202ENST00000431717 2054 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CUX1P39880 MLPH-203ENST00000409373 2031 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.8 ms