Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 OR4S1-201ENST00000319988 930 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 PDLIM5-203ENST00000359265 1189 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 B9D1-203ENST00000395615 805 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 NAA60-205ENST00000424546 1149 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AL627422.1-201ENST00000434104 580 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 LINC01378-202ENST00000437514 783 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 CSHL1-205ENST00000438387 566 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC008080.4-202ENST00000440034 1005 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 LINC00173-201ENST00000470091 435 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 FRMD4A-204ENST00000475141 1233 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 CISD2-202ENST00000503643 808 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ACTR6P1-201ENST00000514311 1104 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 STAU2-212ENST00000521419 972 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 CHCHD7-211ENST00000521831 573 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC105219.2-201ENST00000527908 299 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC108471.2-201ENST00000533736 1061 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC120498.5-201ENST00000561757 299 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 CRHR1-208ENST00000577353 1206 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 MIR3677-201ENST00000578964 60 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 MIR4640-201ENST00000581824 90 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC008735.2-201ENST00000589456 549 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 OCEL1-206ENST00000597836 1044 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC073413.1-201ENST00000603927 732 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 UPK1A-204ENST00000617999 1268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 RPS10-207ENST00000621356 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 PCBP2-OT1-201ENST00000634357 590 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC091980.2-201ENST00000619056 2775 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 MAGEA9-201ENST00000243314 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 FAM181A-201ENST00000267594 1816 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 TPD52L2-201ENST00000217121 2362 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 UBE2O-201ENST00000319380 5436 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 STAU2-219ENST00000522509 2173 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 POLR2A-201ENST00000572844 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 CEP120-201ENST00000306467 4900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 PELI3-209ENST00000618547 2508 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ZAP70-201ENST00000264972 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 SLC2A6-201ENST00000371897 2301 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ATG10-203ENST00000458350 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 IL9RP3-201ENST00000442856 1674 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 CBSL-202ENST00000617706 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ABCB7-201ENST00000253577 2377 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 PPP3CA-203ENST00000394854 4685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 PRSS54-201ENST00000219301 1810 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 LCE3B-201ENST00000335633 288 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 IGHV3-48-201ENST00000390624 432 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 GTF2A2-205ENST00000396064 633 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 LSM5-207ENST00000410044 687 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC012507.1-201ENST00000454890 600 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AADACL2-AS1-202ENST00000483843 628 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 GTF2A2-208ENST00000484743 408 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 DLG4-206ENST00000485100 1004 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 LILRA5-204ENST00000486742 1078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 APOC1P1-201ENST00000507983 630 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 SETP12-201ENST00000514068 805 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 POLD4-208ENST00000532830 904 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC005726.2-204ENST00000577790 511 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC234782.2-201ENST00000614615 1240 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC011471.3-201ENST00000623576 402 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 UBL7-AS1-203ENST00000564621 1612 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AMOTL2-211ENST00000513145 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 CLEC18A-203ENST00000449317 1875 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 P2RX5-208ENST00000552050 1536 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ABHD18-203ENST00000444616 2129 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 RUBCNL-203ENST00000378787 2731 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ECH1-201ENST00000221418 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 PDK1-203ENST00000410055 2990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AC009090.5-201ENST00000624886 2285 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 TPBG-203ENST00000543496 2881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 OPRK1-205ENST00000612786 5196 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 PRRT2-214ENST00000637064 2153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 RRBP1-208ENST00000470422 2070 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 RABL2B-204ENST00000395593 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 DNAJC19-201ENST00000382564 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ZSWIM8-AS1-201ENST00000456638 1460 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 TCF3-204ENST00000453954 3585 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 CLEC18A-209ENST00000615430 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 CLEC18C-211ENST00000618957 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 CLEC18B-205ENST00000619275 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 HERPUD1-201ENST00000300302 1862 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 HCRTR1-202ENST00000373706 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 ALDOA-225ENST00000569545 1359 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 AL139384.1-201ENST00000612143 3047 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
COL9A1P20849 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.6 ms