Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 LILRP1-201ENST00000444199 1370 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 FAM214B-202ENST00000378557 3070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ACTG1P17-202ENST00000560958 1662 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 DNM1-201ENST00000341179 3254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 C11orf49-203ENST00000378618 1166 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 PEMT-204ENST00000395783 1008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 RAMP3-203ENST00000496212 543 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC090825.1-202ENST00000560059 665 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AP005264.1-201ENST00000586226 733 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC021016.3-201ENST00000608367 477 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 MLF1-201ENST00000355893 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 FBXO5-202ENST00000367241 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 SELENOF-201ENST00000331835 1781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 CICP23-201ENST00000605013 2741 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 APBB3-202ENST00000356738 1804 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 SARS2-201ENST00000221431 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 MAPK7-204ENST00000395604 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 CYP4F11-202ENST00000326742 2877 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ARL14EP-201ENST00000282032 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ZNF77-201ENST00000314531 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 RBFOX3-203ENST00000580155 1519 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 RGR-203ENST00000372092 868 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 MIR645-201ENST00000385283 94 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 CCL24-202ENST00000416943 585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ACTG1P19-201ENST00000418987 1116 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC004895.1-203ENST00000428901 540 ntTSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 KRT18P46-201ENST00000435568 1279 ntBASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 SYBU-219ENST00000528647 2995 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 IFI27L1-212ENST00000557218 413 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 MMP2-201ENST00000219070 3741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 NCF4-201ENST00000248899 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 GPSM3-209ENST00000487761 1460 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ST3GAL3-209ENST00000361400 2195 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 TOB1-202ENST00000499247 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 FAM214B-206ENST00000603301 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 NCR3-201ENST00000340027 1042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 OST4-201ENST00000429985 559 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AL035413.1-201ENST00000437898 507 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 LZTS1-AS1-201ENST00000523103 892 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC037486.1-201ENST00000523792 790 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ANO3-205ENST00000531646 1264 ntTSL 4 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ANO1-AS2-202ENST00000533327 498 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 VPS18-202ENST00000558474 873 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 CNOT8-201ENST00000285896 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 UNC5D-203ENST00000416672 3532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 RHOH-218ENST00000613272 1865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ANKRD40-201ENST00000285243 4184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 EWSAT1-206ENST00000558922 1725 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 SSR4P1-203ENST00000599569 2260 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 PLA2G2A-202ENST00000400520 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 PRAME-206ENST00000406503 740 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 LINC00313-207ENST00000451543 413 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 TMEM14C-205ENST00000541412 1177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC135782.2-201ENST00000562040 472 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 NPLOC4-209ENST00000572760 946 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 MIR5001-201ENST00000580185 100 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 MCEMP1-202ENST00000597445 763 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 LINC02018-201ENST00000608169 1268 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 LINC01669-201ENST00000623161 413 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 LINC01101-201ENST00000622953 1884 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 GCK-203ENST00000395796 2539 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 SLC35B2-206ENST00000615337 2014 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 TYSND1-202ENST00000335494 3397 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 TLE3-202ENST00000440567 2657 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 GEMIN8P4-201ENST00000380526 729 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 CHTF8-202ENST00000398235 1073 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 MT2A-202ENST00000561491 581 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 AC104961.2-201ENST00000578129 663 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 DNAJC10-211ENST00000640034 888 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 PAIP2-202ENST00000394795 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 LFNG-205ENST00000402506 2268 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 SPAAR-203ENST00000636776 1538 ntAPPRIS P1 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 SERF1B-204ENST00000506542 1666 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 HNF1A-211ENST00000543427 2819 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ACYP2-203ENST00000406041 1913 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 TOMM22-201ENST00000216034 2040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 TBC1D17-202ENST00000535102 2025 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 BECN1-213ENST00000590099 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 GLS2-216ENST00000610413 2296 ntTSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 KLC4-202ENST00000347162 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 MXI1-202ENST00000332674 3470 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 C18orf21-202ENST00000333234 958 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ATP5H-202ENST00000344546 553 ntTSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ERP29P1-201ENST00000442902 706 ntBASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 NMNAT3-213ENST00000512391 794 ntTSL 3 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 SLC9A3R2-204ENST00000563587 1037 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
CHD9Q3L8U1 ELP5-212ENST00000574255 671 ntTSL 2 BASIC15.5■□□□□ 0.07
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