Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 CLCNKA-201ENST00000331433 2475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF772-202ENST00000356584 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 SOCS5-202ENST00000394861 4058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF324B-201ENST00000336614 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFV1-202ENST00000415352 1512 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 FAM149B1-201ENST00000242505 5408 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 GPR137C-201ENST00000321662 3888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 C1R-202ENST00000536053 2347 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 SIGLEC9-202ENST00000440804 1960 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF3-212ENST00000495373 2024 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 GABPB1-202ENST00000359031 1633 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ATP2A3-202ENST00000352011 3274 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 CYB561D1-204ENST00000420578 3326 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 PDE3A-201ENST00000359062 7576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 MIPEPP3-202ENST00000424756 347 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 MOGAT3-203ENST00000440203 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00229-201ENST00000443783 500 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC100818.1-201ENST00000524167 563 ntTSL 4 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 LYSMD2-204ENST00000560491 1026 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 IGHV3OR16-8-201ENST00000565407 349 ntAPPRIS P1 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 PRSS30P-206ENST00000641773 873 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 SHC1-204ENST00000368450 3059 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 SHC1-205ENST00000368453 3062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 EEF1A1-202ENST00000316292 4441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 TPM3-205ENST00000328159 1771 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC023632.2-201ENST00000523011 1789 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 CYP26A1-202ENST00000371531 2245 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ORMDL3-202ENST00000394169 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 YWHAE-208ENST00000571732 1818 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 SEMA5B-206ENST00000451055 4579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 KCNT1-208ENST00000488444 3696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC117489.1-201ENST00000625169 3217 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 NEK2-201ENST00000366998 1865 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 FKBP6-204ENST00000431982 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP4-203ENST00000370028 3372 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC027601.5-201ENST00000624065 2482 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 SPOCK3-201ENST00000357154 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 CCT4-201ENST00000394440 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ADCY2-201ENST00000338316 6575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 PRMT7-203ENST00000449359 2091 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 TDRKH-204ENST00000368825 2651 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 SOX7-201ENST00000304501 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 PODN-202ENST00000371500 3287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 BCL9L-202ENST00000526143 5514 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 POLR2E-213ENST00000615234 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 SLC26A11-201ENST00000361193 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 RNF182-208ENST00000544682 3495 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 PDHX-201ENST00000227868 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 MAST1-201ENST00000251472 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF800-201ENST00000265827 4203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF280D-207ENST00000559237 4902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC114490.1-201ENST00000417456 3163 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 C1orf43-203ENST00000368516 872 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM26-AS1-201ENST00000389640 863 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 LSM1-203ENST00000520755 975 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 PRF1-203ENST00000638674 1080 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 HSPA7-201ENST00000445535 1927 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 DRC3-216ENST00000584166 1953 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 MX1-218ENST00000619682 1980 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 GPD1L-201ENST00000282541 4060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 SH3PXD2B-203ENST00000519643 1394 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 WARS2-202ENST00000369426 2811 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM230-201ENST00000202834 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 BBS2-201ENST00000245157 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 CDCA2-201ENST00000330560 3731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 SAFB-201ENST00000292123 3042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ITSN1-205ENST00000381291 5437 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 PSMD13-215ENST00000621534 1572 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 TSPAN14-210ENST00000616406 2436 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ZFYVE28-201ENST00000290974 4131 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHN1-202ENST00000379409 2455 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 UBA1-201ENST00000335972 3559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 IMPACT-201ENST00000284202 3792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A12-203ENST00000377572 2887 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 RBPJ-205ENST00000355476 5990 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 NR6A1-205ENST00000487099 7031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 FAM47E-STBD1-204ENST00000515604 3029 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 CCNB1-201ENST00000256442 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00163-201ENST00000434081 2155 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM170A-207ENST00000569540 2331 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.6 ms