Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 FO393412.1-201ENST00000619841 382 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AC025262.2-201ENST00000623975 1056 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 KIAA0319L-201ENST00000325722 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ASB3-202ENST00000394717 1734 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 FAM151A-201ENST00000302250 2005 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 PRDM5-202ENST00000394435 2492 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AC004835.1-201ENST00000428222 2907 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ARHGAP11B-210ENST00000622744 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ANKRD33-201ENST00000301190 1935 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 DIP2A-205ENST00000466639 2711 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ATP6AP2-213ENST00000636251 1877 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SNX14-215ENST00000513865 2259 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SPRYD7-202ENST00000378195 3086 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SCGN-202ENST00000377961 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 GABRA5-202ENST00000355395 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 INTS11-203ENST00000419704 1798 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 NFATC1-208ENST00000586434 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 THOC6-207ENST00000574549 1300 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 JRK-211ENST00000615982 2823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ARL14EP-201ENST00000282032 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 REM1-201ENST00000201979 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 BLK-205ENST00000529894 2017 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 CGB1-201ENST00000301407 573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 CMTM5-201ENST00000339180 1173 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 RAB25-201ENST00000361084 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 RPP25L-202ENST00000378959 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 IGHV3-48-201ENST00000390624 432 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 RHOG-203ENST00000396979 1289 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AL590093.1-201ENST00000416119 623 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 RHOG-204ENST00000533217 886 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 C14orf132-204ENST00000556728 774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 C14orf178-204ENST00000557011 474 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AC024361.2-201ENST00000574471 898 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AC008133.1-201ENST00000584688 557 ntTSL 4 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 MIR4522-201ENST00000584932 87 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SNRPD2-206ENST00000588301 702 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SIGLEC18P-201ENST00000602271 909 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 HIST1H2BE-201ENST00000614097 497 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 GLUD1P2-203ENST00000631118 486 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 FP565260.6-204ENST00000620528 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AL157414.3-201ENST00000624276 1954 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ATP2C1-218ENST00000510168 5067 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 EPN2-201ENST00000314728 4871 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 NRXN2-202ENST00000301894 3535 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 GOSR2-211ENST00000623037 1814 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 LRP10-203ENST00000546834 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 CENPK-202ENST00000396679 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SCN3B-202ENST00000392770 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AC112229.1-202ENST00000490013 2918 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ZCCHC18-203ENST00000537356 2907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 TMTC2-201ENST00000321196 5681 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 PGRMC2-207ENST00000520121 3785 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 EVC2-202ENST00000344408 4390 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SPAG8-209ENST00000484764 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SLC2A9-202ENST00000309065 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ABHD4-201ENST00000216327 716 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 RHBDD2-203ENST00000428119 1274 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 LINC00441-201ENST00000433480 1143 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ZAP70-202ENST00000451498 1085 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AC106047.1-202ENST00000467484 482 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 LRRC75A-AS1-209ENST00000481027 1016 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 LINC01848-201ENST00000523446 518 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 LINC02417-201ENST00000542449 515 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 NR2C2AP-207ENST00000544883 899 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SMIM6-201ENST00000556126 866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AC009119.2-201ENST00000561562 723 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 LRRC75A-AS1-226ENST00000582911 879 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 LINC01224-201ENST00000593573 798 ntTSL 4 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SLC12A5-216ENST00000626701 617 ntTSL 3 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AC092299.1-201ENST00000632679 757 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 P2RX3-201ENST00000263314 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ZNF324-203ENST00000536459 5653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 CALCR-203ENST00000394441 1774 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 LATS1-202ENST00000392273 2567 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.6 ms