Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 REC8-209ENST00000611366 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 NUCB1-201ENST00000405315 2668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 FRMD5-201ENST00000402883 4091 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 PIK3CD-206ENST00000536656 5483 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 PIK3CD-208ENST00000628140 5483 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 ATXN2L-202ENST00000336783 4367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 PLCD1-204ENST00000463876 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 BIRC2-214ENST00000621637 3331 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 PAPD7-207ENST00000631941 1902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 LRRC8D-201ENST00000337338 3950 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 PRKCSH-212ENST00000591462 2209 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 LGALSL-201ENST00000238875 3926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 MAGI3-202ENST00000369611 3596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC009961.1-203ENST00000607836 2520 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AMPD2-219ENST00000528667 3134 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 UMODL1-AS1-201ENST00000329015 2141 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 RPN1-207ENST00000497289 2137 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 GRIN2C-201ENST00000293190 4261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 TEAD2-203ENST00000539846 1444 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 PITPNM1-216ENST00000534749 4189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 GMIP-201ENST00000203556 3538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 SPEG-201ENST00000312358 10782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 ZNF575-202ENST00000458714 2285 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 HSD17B4-215ENST00000510025 2589 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 COL5A1-201ENST00000371817 8471 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AL031280.1-201ENST00000436991 2224 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 SUCO-210ENST00000616058 5495 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 CENPM-206ENST00000407253 818 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 TMEM210-201ENST00000413619 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 PIGZ-204ENST00000443835 675 ntTSL 4 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 PAX5-207ENST00000446742 885 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AL359815.1-201ENST00000457706 821 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AL160313.1-201ENST00000502101 1039 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 LINC02437-201ENST00000505053 911 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC138304.1-201ENST00000563841 424 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 MPI-209ENST00000564003 1195 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC087741.1-202ENST00000573346 801 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AL158211.3-201ENST00000607385 239 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AL590560.3-201ENST00000623350 461 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 ANKMY1-206ENST00000401804 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 VPS36-207ENST00000611132 4607 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 THUMPD3-210ENST00000515662 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 C12orf42-201ENST00000378113 1513 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 IDH3B-201ENST00000380843 1545 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 MED12L-202ENST00000309237 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 RNF166-210ENST00000568683 1768 ntTSL 3 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 RNF167-211ENST00000575111 1757 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 TNFRSF1B-201ENST00000376259 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 SAMD15-201ENST00000216471 2564 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 ANAPC5-201ENST00000261819 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 STOML1-204ENST00000541638 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 FXYD6-201ENST00000260282 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 DYRK1B-202ENST00000348817 2448 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 LRRC41-201ENST00000343304 2947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 NTM-202ENST00000374786 3190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 WDR61-201ENST00000267973 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC036214.1-201ENST00000502766 2126 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 BDKRB2-201ENST00000539359 1600 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC083964.2-201ENST00000623988 2396 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 MAPK4-201ENST00000400384 4770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 TMEM53-204ENST00000372243 1579 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 TOR1AIP1-201ENST00000271583 3044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 PSMD9-207ENST00000541212 2784 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 LMNA-213ENST00000473598 2015 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 PORCN-201ENST00000326194 1755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 CRH-201ENST00000276571 1543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 HIST2H3D-201ENST00000331491 411 ntAPPRIS P1 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 HIST2H3PS2-201ENST00000392948 411 ntAPPRIS P1 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC092910.3-202ENST00000469070 982 ntTSL 3 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC091133.3-201ENST00000504865 432 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AL161781.2-201ENST00000509911 739 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 RFPL4AP1-201ENST00000530883 850 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 WDR25-203ENST00000542471 1214 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AL031717.1-201ENST00000569670 565 ntTSL 4 BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 CD300LG-205ENST00000586233 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC18.56■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC010336.3-201ENST00000597156 667 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.4 ms