Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 SIN3A-203ENST00000394949 4930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AC092850.2-201ENST00000623821 2697 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 CBSL-202ENST00000617706 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 NDRG2-206ENST00000397844 2096 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 ACSL4-201ENST00000340800 5333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 ADCYAP1R1-204ENST00000409489 1761 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 PGRMC2-207ENST00000520121 3785 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 LINC00680-205ENST00000450081 1593 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 MYADM-202ENST00000391768 1492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 KRT8P21-201ENST00000430398 1491 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 PSMD9-201ENST00000261817 2307 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 PPIL3-201ENST00000286175 1370 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 RHD-203ENST00000357542 1387 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 TOB1-AS1-201ENST00000416263 1351 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 DKK4-201ENST00000220812 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 MSR1-201ENST00000262101 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 OR9I1-201ENST00000302610 945 ntAPPRIS P1 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 RPS9-201ENST00000302907 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 RPAIN-201ENST00000327154 815 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 UQCRQ-203ENST00000378670 839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 GSG1L-201ENST00000380897 1173 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AL391361.3-201ENST00000420601 379 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 DNAJB1P1-201ENST00000429417 1024 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 GLIS3-AS1-201ENST00000451340 734 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 ALG3P1-201ENST00000508806 1114 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 POU5F1P2-201ENST00000521750 823 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 LINC01848-201ENST00000523446 518 ntTSL 3 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 CCNC-217ENST00000523985 958 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 SIRT3-210ENST00000529382 1225 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AC135983.1-201ENST00000562108 1097 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AC087045.2-201ENST00000606279 1003 ntBASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 TOMM7-207ENST00000621567 241 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 GLIDR-205ENST00000640674 884 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 SCP2-217ENST00000640998 1101 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AKR1A1-202ENST00000372070 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 ZNF213-206ENST00000574902 3208 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 DDX19A-202ENST00000417604 1703 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 TSPAN17-209ENST00000515708 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 KLF10-202ENST00000395884 3659 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 ACSF2-202ENST00000427954 2251 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 TMEM40-204ENST00000435218 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 SYT6-205ENST00000609117 4424 ntTSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 PLAGL1-211ENST00000625622 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 TRIM7-201ENST00000274773 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 TMC4-210ENST00000619895 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 UPB1-202ENST00000382760 1928 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 ASXL1-202ENST00000375687 7031 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 RNF183-201ENST00000297894 1830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 RASD2-201ENST00000216127 3412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 VAC14-202ENST00000536184 2161 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 LILRP1-201ENST00000444199 1370 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 GCNT7-201ENST00000243913 2064 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 MAN1C1-203ENST00000374332 4641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 MAN1C1-208ENST00000611903 4647 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 TPM1-202ENST00000288398 1295 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 UBL4A-201ENST00000369653 711 ntTSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 ESD-202ENST00000378720 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 LINC01237-201ENST00000415434 573 ntTSL 4 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 TLE1P1-201ENST00000422965 589 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 RPL13AP19-201ENST00000434320 584 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 HCFC1-AS1-201ENST00000438219 350 ntTSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 CICP12-201ENST00000455801 843 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 KLF3-AS1-204ENST00000505240 567 ntTSL 4 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AC092171.5-201ENST00000608012 942 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 NPIPB11-202ENST00000614927 1216 ntTSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AP001065.2-201ENST00000617205 644 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 KLF3-AS1-207ENST00000620339 558 ntTSL 4 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 PDCD2-208ENST00000541970 3378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 STIP1-201ENST00000305218 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 FBXL22-202ENST00000534939 2443 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 ELF3-201ENST00000359651 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 GPN3-201ENST00000228827 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 DUSP6-202ENST00000308385 1959 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 SPINT1-202ENST00000562057 2456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 ZBTB11-AS1-201ENST00000609682 2743 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 NIT1-203ENST00000368009 1362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 ZNF331-217ENST00000512387 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 FP565260.6-204ENST00000620528 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 CASK-203ENST00000378163 4411 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 CTCF-201ENST00000264010 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 PDE6G-201ENST00000331056 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC4-201ENST00000335965 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 MNX1-AS2-201ENST00000429228 374 ntTSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AC078991.1-201ENST00000437297 610 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 FKBP2-203ENST00000449942 613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 AC010973.2-201ENST00000485974 1230 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 IKBKB-212ENST00000519735 1166 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC87Q9NVE4 TGIF1-218ENST00000551402 1089 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms