Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 AC020659.2-202ENST00000512295 513 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 IGHV3OR16-8-201ENST00000565407 349 ntAPPRIS P1 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 MIR4741-201ENST00000579822 90 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 TNNT1-209ENST00000587758 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 ARL8B-208ENST00000611208 2981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AC092506.1-204ENST00000634888 1066 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 TRPV4-204ENST00000536838 2514 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 PPT1-215ENST00000641471 2368 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 NMNAT3-201ENST00000296202 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 MAX-205ENST00000358664 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 CADPS2-205ENST00000449022 4073 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 NTMT1-204ENST00000372486 1487 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 PKIG-204ENST00000372889 1489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 TBXAS1-201ENST00000336425 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 IRX6-201ENST00000290552 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 PSMC3-209ENST00000530912 1390 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 PLVAP-201ENST00000252590 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 PCDHA4-203ENST00000530339 5251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 BRAP-201ENST00000327551 1947 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AC090616.6-203ENST00000579186 1945 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 CEP170B-202ENST00000414716 6705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 HEBP1-201ENST00000014930 1173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 CD79A-201ENST00000221972 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 ZNF138-201ENST00000307355 1141 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 CTHRC1-201ENST00000330295 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 PFDN5-202ENST00000334478 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 NUDT1-206ENST00000397049 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 MPV17-205ENST00000402310 906 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AL592464.1-201ENST00000429389 429 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 SIRPB2-203ENST00000444444 884 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 RNA5SP486-201ENST00000515961 83 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AL355102.5-201ENST00000554769 572 ntTSL 4 BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AC009133.1-202ENST00000563806 494 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 SAMD11P1-201ENST00000571429 661 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 RN7SL560P-201ENST00000577943 264 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AC005597.1-201ENST00000588092 420 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AL354740.1-203ENST00000593917 424 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 UPK1A-204ENST00000617999 1268 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AC132938.4-201ENST00000623835 848 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 GHDC-203ENST00000428494 2518 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 CAST-224ENST00000508830 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 SMPDL3A-201ENST00000368440 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 MUTYH-206ENST00000372115 1888 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 SIGLEC8-203ENST00000430817 1528 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 SMYD3-214ENST00000490107 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 LRRC59-203ENST00000576448 1531 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 LCK-206ENST00000373564 2137 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AC010642.2-201ENST00000634676 2413 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 ZNF19-208ENST00000565637 2612 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 TBC1D17-202ENST00000535102 2025 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 TPM1-206ENST00000358278 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 TMEM198B-201ENST00000471276 1958 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 ZNF84-202ENST00000392319 7020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 ZC2HC1C-201ENST00000238686 2249 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 USH1C-202ENST00000318024 2237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 TTC6-206ENST00000553443 5833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 DKFZP434H168-201ENST00000567381 1905 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 ECE1-204ENST00000415912 5099 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 GRB7-204ENST00000394211 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 ARF6-201ENST00000298316 3865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AC012313.3-202ENST00000599109 3322 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 LCN9-201ENST00000277526 531 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 ZNRD1-201ENST00000332435 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 EIF3FP3-201ENST00000434851 1086 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 DGCR5-204ENST00000440005 1299 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 LRRC74B-201ENST00000442047 1179 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 DERL3-208ENST00000476077 969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 FHIT-208ENST00000492590 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AC008808.1-201ENST00000508923 432 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AC093879.1-201ENST00000508959 1176 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 SLC45A2-204ENST00000509381 1040 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 ANAPC15-214ENST00000543587 883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 LINC02279-201ENST00000553435 737 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AL583722.2-201ENST00000557223 663 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 DUX4L45-201ENST00000566406 1057 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 COPS9-205ENST00000607357 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 LCN9-204ENST00000619315 528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AP1M2-207ENST00000590923 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 PLXNB1-202ENST00000358536 7308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 GCK-203ENST00000395796 2539 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AC022613.1-201ENST00000536835 2530 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 EGLN3-201ENST00000250457 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 LEF1-216ENST00000510624 1472 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 ZNF786-202ENST00000491431 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
NUP88Q99567 AL359258.3-201ENST00000622910 2331 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms