Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 RN7SL574P-201ENST00000581512 297 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 NPIPB11-202ENST00000614927 1216 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 AC015967.2-201ENST00000624092 234 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 AC006435.4-201ENST00000625037 234 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 RPL35-206ENST00000629845 340 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 AL356737.1-201ENST00000634391 234 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 PGR-210ENST00000619228 3038 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 MAPK8IP1-202ENST00000395629 3180 ntTSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 ODF2-202ENST00000372791 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 CDPF1-203ENST00000404583 1439 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 MFSD1-203ENST00000415822 2423 ntTSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 TMEM258-207ENST00000543510 1692 ntTSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 DEPDC7-201ENST00000241051 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 SIGLEC6-202ENST00000346477 1940 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 AL109954.1-202ENST00000564051 2148 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 ING5-201ENST00000313552 5196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 AC138035.3-201ENST00000622706 2791 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 AC007743.1-201ENST00000596663 3075 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 ARF5-201ENST00000000233 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 COX8C-201ENST00000342144 533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 RN7SKP214-201ENST00000364208 315 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 KCNAB2-207ENST00000378111 822 ntTSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 LINC01006-204ENST00000435354 545 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 AL645933.1-201ENST00000440087 609 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 AC106786.1-201ENST00000442777 792 ntTSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 SNHG14-209ENST00000456576 544 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 PCOLCE2-208ENST00000485766 1088 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 ZNF419-208ENST00000518999 746 ntTSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 TMEM91-211ENST00000544232 725 ntTSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 PYY-202ENST00000592796 580 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 CU633904.3-201ENST00000624042 1029 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 MAGEB2-201ENST00000378988 1610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 COL5A3-201ENST00000264828 6174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 MSTO1-202ENST00000368341 2245 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 CELP-203ENST00000624767 2414 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 ZNF114-204ENST00000595607 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 TLE3-202ENST00000440567 2657 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 ATP6V0A1-204ENST00000537728 2774 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 ADRB1-201ENST00000369295 2853 ntAPPRIS P1 BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 SYT3-201ENST00000338916 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 CTDP1-201ENST00000075430 3538 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 AMFR-201ENST00000290649 3600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 SIPA1-201ENST00000394224 3628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 CLPTM1-202ENST00000541297 2732 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 FAM156A-206ENST00000612915 2233 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 TMC5-202ENST00000381414 4755 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 FXYD5-201ENST00000342879 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 CCDC51-201ENST00000395694 1560 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 ZCCHC17-207ENST00000616859 1458 ntTSL 4 BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 ZCCHC17-208ENST00000618216 1489 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 MYL6-219ENST00000551589 1438 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 COX4I1-201ENST00000253452 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 ACTG1P2-201ENST00000415776 1125 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 AL391119.1-201ENST00000416563 271 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 AL357558.1-201ENST00000416646 456 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 ACTG1P11-201ENST00000425411 1125 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 FOXP4-AS1-203ENST00000439386 404 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 MSRA-203ENST00000441698 788 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 PABPC5-AS1-201ENST00000456187 426 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 CCDC86-203ENST00000545580 697 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 CMTM3-215ENST00000568477 687 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 AC011447.3-201ENST00000590606 722 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 FBXL12-212ENST00000592067 879 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 AC091544.8-201ENST00000619490 361 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 MVK-217ENST00000639206 367 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 FGD5-201ENST00000285046 5720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 PPP2R5D-206ENST00000472118 2963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 DCAF11-217ENST00000559115 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 UVSSA-206ENST00000507531 2597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 EXOC3L1-201ENST00000314586 2510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 SLA2-202ENST00000360672 2171 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 APBB1-217ENST00000608645 1925 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 WASF1-202ENST00000359451 3075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 ALAS2-202ENST00000335854 1795 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 MGRN1-201ENST00000262370 3968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 EHF-210ENST00000531794 1481 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 ACOX3-202ENST00000413009 2374 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
TRIM28Q13263 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.9 ms