Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 TMBIM7P-203ENST00000641617 1718 ntBASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 FGD5-206ENST00000543601 5768 ntTSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 API5-202ENST00000420461 2009 ntTSL 2 BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 IQCF5-AS1-201ENST00000440723 2000 ntTSL 2 BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 SEMA4F-201ENST00000339773 2177 ntTSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 MYZAP-202ENST00000380565 2181 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ACSM2B-207ENST00000565232 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ATP2A2-204ENST00000539276 4094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ZNF114-204ENST00000595607 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 PRMT6-201ENST00000370078 2616 ntAPPRIS P1 BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 USP47-207ENST00000527733 4525 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 PITPNM2-201ENST00000280562 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 AGER-206ENST00000375070 1463 ntTSL 5 BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 AGER-208ENST00000438221 1493 ntTSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 MAGEA12-202ENST00000393869 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 SUCO-210ENST00000616058 5495 ntTSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 NR1H3-235ENST00000616973 1919 ntTSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.82□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 C12orf49-201ENST00000261318 8404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 SSR4P1-203ENST00000599569 2260 ntBASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 TMA16-201ENST00000358572 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 CNN1-210ENST00000592923 1848 ntTSL 2 BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 CPEB3-201ENST00000265997 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 B3GAT1-201ENST00000312527 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 NUTM2D-202ENST00000412718 5543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 DKC1-213ENST00000620277 3079 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 HNRNPF-201ENST00000337970 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 TBC1D17-202ENST00000535102 2025 ntTSL 2 BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 PPP1R21-202ENST00000294952 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 GOLGA8H-201ENST00000566740 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 GOLGA8J-201ENST00000567927 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ASIC1-202ENST00000447966 3778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 FBXO41-201ENST00000295133 6928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 RWDD4-205ENST00000510968 1551 ntTSL 4 BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 SLC25A2-201ENST00000239451 1417 ntAPPRIS P1 BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 GTSF1-201ENST00000305879 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ZBTB12BP-201ENST00000314232 1122 ntBASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 PRKN-201ENST00000338468 1276 ntTSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 LCE1E-202ENST00000368771 575 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 BRF1-202ENST00000379932 884 ntTSL 5 BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 AC026954.1-201ENST00000429771 1293 ntBASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 AC012441.1-201ENST00000446669 685 ntBASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 AC072022.1-201ENST00000450760 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 PFN1P12-201ENST00000455938 534 ntBASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 PLEKHB1-206ENST00000535129 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 LINC02299-201ENST00000556669 430 ntTSL 5 BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 LINC02109-201ENST00000565798 869 ntTSL 5 BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 C19orf70-204ENST00000587950 655 ntTSL 2 BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 AP001122.1-202ENST00000501648 1916 ntTSL 2 BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 LRFN1-201ENST00000248668 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 TFPI2-201ENST00000222543 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 MGAT1-201ENST00000307826 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 GTF3C5-204ENST00000372108 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ADAM15-208ENST00000447332 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 C7orf49-201ENST00000393114 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 LFNG-202ENST00000338732 1968 ntTSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 TBC1D24-205ENST00000567020 6673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 SNX19-201ENST00000265909 6535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 DNAJC5-201ENST00000360864 5213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 SLC22A23-210ENST00000490273 2043 ntTSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 RPTOR-201ENST00000306801 6408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 RDM1-224ENST00000619262 1535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.81□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 WDR45B-201ENST00000392325 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 GFAP-225ENST00000638281 2099 ntTSL 5 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 KIAA1468-201ENST00000256858 5579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 RIMS1-216ENST00000521978 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ATP2A3-206ENST00000397043 3197 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 RALGPS1-203ENST00000373434 2466 ntTSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 ALDH1A2-201ENST00000249750 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 FGD1-201ENST00000375135 4275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 CEACAM19-202ENST00000403660 1982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 FURIN-207ENST00000618099 4345 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 GABARAP-201ENST00000302386 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 TMEM169-204ENST00000437356 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 PEMT-203ENST00000395782 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 C2orf27AP3-201ENST00000434123 579 ntBASIC11.8□□□□□ -0.52
HOXD3P31249 AL355994.3-201ENST00000437156 466 ntTSL 2 BASIC11.8□□□□□ -0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.8 ms