Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 AC020659.1-201ENST00000309874 2900 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 COL9A1-204ENST00000370496 1372 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 KCNJ5-203ENST00000533599 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 VSIG2-201ENST00000326621 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 TSPO-201ENST00000329563 955 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 DGKZ-202ENST00000343674 3816 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 C9orf24-203ENST00000379126 496 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 PSME1-202ENST00000382708 1136 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 AL021707.3-201ENST00000418803 527 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 SEPT7P2-209ENST00000450436 601 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 CDC23-208ENST00000505120 455 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 AC025154.1-201ENST00000552806 560 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 AC126696.1-201ENST00000561567 756 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 LINC00621-201ENST00000577004 1177 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 TSPO-206ENST00000583777 636 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 PRKAR2B-201ENST00000265717 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 OTX1-201ENST00000282549 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 OTX1-202ENST00000366671 2861 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 RNFT2-203ENST00000392549 2896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 CCDC40-202ENST00000374876 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 GPER1-201ENST00000297469 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 AC010931.2-202ENST00000514871 2566 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 CNN1-210ENST00000592923 1848 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 TM9SF1-201ENST00000261789 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 STRN-202ENST00000379213 2254 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 ZDHHC13-201ENST00000399351 2283 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 AKR1B15-202ENST00000457545 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 P2RX5-208ENST00000552050 1536 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 HSD17B6-206ENST00000555159 1525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 ZBTB7C-221ENST00000590800 4947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 PPP2R5D-202ENST00000394110 2894 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 ROCK2-209ENST00000616279 6401 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 PPM1F-202ENST00000397495 1778 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 ADCYAP1R1-204ENST00000409489 1761 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 CRISPLD2-203ENST00000564567 1651 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 SLC30A1-201ENST00000367001 5474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 DUSP8-201ENST00000331588 4455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 TMEM132D-AS2-201ENST00000542578 1568 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 NR1H3-235ENST00000616973 1919 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 HHIPL1-201ENST00000330710 7390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 CAMK2D-207ENST00000505990 1802 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 SEMA4F-201ENST00000339773 2177 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 KTN1-AS1-202ENST00000412224 2185 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 CRELD1-203ENST00000397170 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 SLURP2-201ENST00000317543 599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 AC011450.1-202ENST00000358234 573 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 MAATS1-203ENST00000463700 939 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 AL157935.2-201ENST00000476274 1071 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 SERPINA13P-202ENST00000478994 924 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 CDKN2AIP-205ENST00000510928 860 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 ANO1-AS1-201ENST00000524987 646 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 AC113192.2-201ENST00000525320 308 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 CNGA4-202ENST00000533426 936 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 AC005730.2-201ENST00000564549 1184 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 AC108134.4-201ENST00000570700 302 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 AC022903.1-201ENST00000579327 469 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 AL451050.2-201ENST00000606967 682 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 STPG3-204ENST00000611378 1015 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 ACSM2B-207ENST00000565232 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 JPH2-202ENST00000372980 4787 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 TEX28-203ENST00000617225 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 PPFIA3-201ENST00000334186 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 SLC2A13-202ENST00000380858 3082 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 MEF2C-AS1-210ENST00000514011 1754 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 COMP-203ENST00000542601 2707 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 ALOX15B-204ENST00000572022 2396 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 LINC01667-202ENST00000623919 1422 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 TMPRSS4-214ENST00000523251 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 MYCN-202ENST00000638417 1693 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 WDR45-224ENST00000485908 1301 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 KIFC3-205ENST00000540079 2781 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 AFTPH-202ENST00000238856 4040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 NFATC4-221ENST00000555453 3169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 SH3BP4-201ENST00000344528 5044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 RNPS1-220ENST00000566458 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 RDH5-201ENST00000257895 1269 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 SST-201ENST00000287641 618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 AKIP1-201ENST00000299576 1247 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 KRTAP21-2-201ENST00000333892 440 ntAPPRIS P1 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 CTNNBIP1-202ENST00000377258 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 BLCAP-204ENST00000397135 685 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 MRPL23-204ENST00000397297 613 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 GATD1-203ENST00000397472 790 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 FNTAP2-201ENST00000430308 634 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 TNFRSF14-AS1-206ENST00000452793 569 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 PGAP2-214ENST00000465307 1100 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 SPATA24-205ENST00000509959 641 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 RDH5-204ENST00000548082 1259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
HOXC11O43248 ZNF385A-213ENST00000551771 1111 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.4 ms