Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 KRT85-201ENST00000257901 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 NRXN1-222ENST00000625672 8113 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 LINC00528-201ENST00000600723 2160 ntBASIC14.33□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 RBFADN-204ENST00000568911 5187 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 CELF4-223ENST00000603232 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 CNTFR-204ENST00000610543 1926 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 PIP5K1C-202ENST00000537021 3326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 KIFC3-205ENST00000540079 2781 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 WBP2-215ENST00000591399 2225 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 AHSA1-201ENST00000216479 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 EPAS1-201ENST00000263734 5166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 INPP5K-201ENST00000320345 2880 ntTSL 5 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 VGLL2-202ENST00000352536 1709 ntTSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 PEX11B-201ENST00000369306 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 ATG4B-205ENST00000404914 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 KLF11-205ENST00000535335 4033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 AFF3-202ENST00000409236 9849 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 PIGT-246ENST00000639499 2021 ntTSL 5 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 ALDH3B2-201ENST00000349015 2649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 MEG9-201ENST00000429368 2638 ntTSL 2 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 GCC1-201ENST00000321407 4149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 PCDHGA6-202ENST00000610583 5650 ntAPPRIS P1 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 COL22A1-201ENST00000303045 6346 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 PRELP-201ENST00000343110 5747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 AC106881.1-201ENST00000605849 3329 ntBASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 TICRR-202ENST00000560985 6656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 ZBTB14-202ENST00000400143 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 NSUN5P1-206ENST00000457988 1836 ntTSL 2 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 UBE2D4-201ENST00000222402 3974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 ATP2B3-201ENST00000263519 6420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 KCNT1-208ENST00000488444 3696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 DIO3OS-208ENST00000556120 2473 ntTSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 CIAPIN1-201ENST00000394391 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 DPY19L2P2-201ENST00000312132 4078 ntTSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 TAF11-201ENST00000361288 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 UHRF2-201ENST00000276893 3452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 MYLK-208ENST00000475616 5745 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 C14orf178-201ENST00000355883 642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 WFDC3-204ENST00000372632 704 ntTSL 3 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 RBM3-202ENST00000376755 1130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 AC005034.1-201ENST00000426657 489 ntBASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 KRT18P43-201ENST00000469825 1281 ntBASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 UBE2H-204ENST00000473814 535 ntTSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 HLA-V-204ENST00000476601 1289 ntBASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 SERBP1P5-201ENST00000510079 1181 ntBASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 RHBDL2-203ENST00000540558 697 ntTSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 ZNF710-AS1-201ENST00000558334 1168 ntTSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 AC087741.1-202ENST00000573346 801 ntTSL 3 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 AC005391.1-201ENST00000613285 341 ntTSL 3 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 AC105277.1-203ENST00000635492 1293 ntTSL 5 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 FSTL4-201ENST00000265342 5419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 TMEM30B-202ENST00000555868 4471 ntAPPRIS P1 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 IL9R-201ENST00000244174 1944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 TGM6-201ENST00000202625 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 AXIN2-201ENST00000307078 4259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 TMEM189-203ENST00000371656 1973 ntTSL 2 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 THSD4-202ENST00000355327 9200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 BCL11A-203ENST00000358510 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 MAGEA12-201ENST00000357916 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 ESS2-201ENST00000252137 5392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 EOMES-201ENST00000295743 3386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 RIC1-201ENST00000251879 4127 ntTSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 GPKOW-201ENST00000156109 1742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 ZSCAN32-205ENST00000439568 1746 ntTSL 2 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 PRRT2-207ENST00000572820 2403 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 CNOT8-201ENST00000285896 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC14.32□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 ZNF570-201ENST00000330173 5559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 IGSF1-204ENST00000370903 4594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 AC087386.2-201ENST00000623212 4637 ntBASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 RASSF5-201ENST00000577571 3496 ntTSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 COL1A2-201ENST00000297268 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 OSBP2-209ENST00000438716 2747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 PEX26-205ENST00000610387 3924 ntTSL 5 BASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 FAM153B-220ENST00000515817 1966 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 FAM219A-206ENST00000379087 3573 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 SUPT20H-212ENST00000475892 2836 ntTSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 TOM1L2-202ENST00000379504 2418 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 DPP9-210ENST00000597849 2025 ntTSL 5 BASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 FASTKD5-201ENST00000380266 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 RNF150-201ENST00000306799 4535 ntTSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 DLGAP2-215ENST00000637795 3380 ntTSL 5 BASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 LST1-202ENST00000303757 604 ntTSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 LRCOL1-201ENST00000376608 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 MRPS18AP1-201ENST00000414458 589 ntBASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 RCAN3-204ENST00000425530 997 ntTSL 5 BASIC14.31□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 AL627443.1-201ENST00000456477 1035 ntTSL 3 BASIC14.31□□□□□ -0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.3 ms