Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 ANKRD9-201ENST00000286918 6727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 GRN-201ENST00000053867 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 TBP-202ENST00000392092 1903 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SLC39A14-201ENST00000240095 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 KCTD1-203ENST00000417602 1705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 TSC1-202ENST00000403810 1507 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ABHD15-201ENST00000307201 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AL162727.3-201ENST00000635661 2787 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SMYD1-203ENST00000444564 1816 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC007292.2-201ENST00000593524 1812 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ABTB1-206ENST00000468137 2065 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SLC9A7-201ENST00000328306 3838 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AATBC-203ENST00000448247 1889 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 TUFT1-201ENST00000353024 2107 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ALPI-201ENST00000295463 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ZBED1P1-201ENST00000502364 1930 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ZNF706-201ENST00000311212 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 PARP12-201ENST00000263549 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 MAX-201ENST00000246163 897 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 GSTT2B-201ENST00000290765 1099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 KRTAP10-3-201ENST00000391620 971 ntAPPRIS P1 BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SKA2-202ENST00000437036 625 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AL161719.1-201ENST00000442716 385 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 CICP12-201ENST00000455801 843 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 RN7SL769P-201ENST00000469386 295 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC093904.2-201ENST00000495580 418 ntTSL 3 BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC074194.1-201ENST00000505025 622 ntTSL 4 BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AL160314.3-201ENST00000556041 767 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC025259.3-202ENST00000564363 687 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 TUBB4A-212ENST00000601152 590 ntTSL 4 BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 IFITM3-204ENST00000602735 713 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 C17orf50-202ENST00000604830 477 ntTSL 3 BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC097724.1-201ENST00000609581 426 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AP001505.2-201ENST00000616815 443 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ECSIT-201ENST00000252440 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SPATC1-202ENST00000447830 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ACSF2-202ENST00000427954 2251 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AL008718.2-201ENST00000609206 1313 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC026412.1-203ENST00000507841 2338 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 CPT2-201ENST00000371486 3094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ASNS-201ENST00000175506 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 FAM90A7P-201ENST00000382628 1395 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 FAM90A23P-201ENST00000400136 1395 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 JKAMP-207ENST00000554271 2137 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 CYP11A1-201ENST00000268053 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 BAIAP2-201ENST00000321280 1939 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ANXA6-202ENST00000377751 1430 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 PXYLP1-201ENST00000286353 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 LRFN1-201ENST00000248668 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 GCNT7-201ENST00000243913 2064 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 RBFOX1-205ENST00000436368 1530 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SNHG17-201ENST00000413755 648 ntTSL 3 BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AL157407.1-201ENST00000435784 904 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AL035414.1-201ENST00000451327 857 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC010973.2-201ENST00000485974 1230 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC008406.1-201ENST00000509530 541 ntTSL 3 BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 FAM153B-214ENST00000512862 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 FAM86B1-218ENST00000534520 808 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 PAM16-211ENST00000575848 518 ntTSL 3 BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 PAM16-214ENST00000576217 493 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC091812.3-201ENST00000621362 345 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 CYP4B1-215ENST00000640628 969 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AL805961.1-203ENST00000641078 1258 ntBASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 DHODH-201ENST00000219240 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ATP2C1-224ENST00000533801 3690 ntTSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 CALM1-216ENST00000626705 1341 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SLCO6A1-207ENST00000513675 1611 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 TRIP10-210ENST00000600428 2249 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SRSF5-203ENST00000553521 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 TUBB4A-201ENST00000264071 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 MAP3K6-201ENST00000357582 4136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 MAPK14-204ENST00000468133 1376 ntTSL 2 BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 DUS2-207ENST00000565263 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SALL3-206ENST00000616649 2958 ntTSL 5 BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 INSIG1-201ENST00000340368 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 KAT5-202ENST00000352980 2059 ntTSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 MAPK8IP2-202ENST00000329492 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 TFPI2-201ENST00000222543 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
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