Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 JADE2-203ENST00000395003 6465 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 MSI2-206ENST00000579180 1635 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 FADS1-201ENST00000350997 4525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 MLPH-204ENST00000410032 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 RIMS1-216ENST00000521978 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 HIST3H2A-201ENST00000366695 895 ntAPPRIS P1 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 RBM8A-201ENST00000369307 796 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 TREML1-201ENST00000373127 1194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 MIR1247-201ENST00000408206 136 ntBASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ZNF564-202ENST00000416136 255 ntTSL 3 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 HCST-202ENST00000437550 445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 FHIT-208ENST00000492590 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 HNRNPA1P48-202ENST00000565308 961 ntBASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC129510.1-201ENST00000579979 555 ntTSL 3 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 MIR3615-201ENST00000581999 87 ntBASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC008805.2-201ENST00000590069 435 ntTSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC011510.1-201ENST00000598541 286 ntTSL 3 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AL118558.3-201ENST00000607414 1079 ntBASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ABBA01031663.1-201ENST00000635630 790 ntBASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 STARD7-201ENST00000337288 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ABCB7-201ENST00000253577 2377 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 LINC01502-201ENST00000445997 2471 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ZP3-201ENST00000336517 1483 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 RPN1-207ENST00000497289 2137 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SEC16A-202ENST00000290037 8982 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CD8A-201ENST00000283635 2873 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 BRF1-206ENST00000446501 2858 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 H6PD-203ENST00000602477 5590 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SYBU-219ENST00000528647 2995 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 NID2-208ENST00000617139 3827 ntTSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 DCUN1D3-201ENST00000324344 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 PLPPR5-201ENST00000263177 3288 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 NPAS2-201ENST00000335681 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 KCNMA1-262ENST00000639489 4302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 GRAMD1A-211ENST00000599564 2825 ntTSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SURF4-208ENST00000613129 3148 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 DHX40-202ENST00000425628 2255 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SULT2B1-202ENST00000323090 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CXorf38-202ENST00000378421 2380 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 FOS-202ENST00000535987 1402 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SCNN1A-221ENST00000543768 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ADCY6-201ENST00000307885 6464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SQSTM1-213ENST00000510187 1714 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 FZD5-201ENST00000295417 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 PHLDB2-203ENST00000412622 5996 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ATP2A2-204ENST00000539276 4094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CNKSR1-202ENST00000374253 2538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 MFSD11-202ENST00000355954 2832 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 TLN1-201ENST00000314888 8823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 COX6A2-201ENST00000287490 440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 GABARAPL2-201ENST00000037243 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 PFDN6-202ENST00000374607 598 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 PFDN6-203ENST00000374610 521 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 IGLV4-69-201ENST00000390282 419 ntAPPRIS P1 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 PPP1R14B-202ENST00000392210 600 ntTSL 3 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 C17orf51-202ENST00000412778 877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 GPAA1P2-201ENST00000417923 928 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 Z93015.1-201ENST00000451718 390 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AL590640.2-201ENST00000457038 527 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF26-AS1-201ENST00000467912 628 ntTSL 3 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CENPM-208ENST00000472374 541 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 PFN2-215ENST00000497148 743 ntTSL 4 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 GTF2H2C-215ENST00000514162 610 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC011365.2-201ENST00000520041 810 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 LSM1-203ENST00000520755 975 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 C12orf49-204ENST00000548356 923 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AL031600.1-201ENST00000563610 570 ntTSL 4 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 LINC02028-216ENST00000609015 732 ntTSL 5 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC244517.4-201ENST00000624549 580 ntTSL 4 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 TEAD4-203ENST00000397122 1396 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SLC22A6-203ENST00000421062 1560 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 MTX3-201ENST00000509852 1655 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ZFAND5-204ENST00000376960 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 PBX3-207ENST00000447726 2789 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CTPS2-201ENST00000359276 3629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 HPCAL1-202ENST00000381765 1904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 DKFZP434H168-201ENST00000567381 1905 ntBASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 PHB-201ENST00000300408 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 LEMD3-201ENST00000308330 4764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 HARS2-202ENST00000448069 1426 ntTSL 2 BASIC14.92□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 PLLP-205ENST00000613167 7578 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CARS-203ENST00000397111 2685 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SRGAP2B-207ENST00000641863 2367 ntAPPRIS P5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 HERPUD1-201ENST00000300302 1862 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
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