Protein–RNA interactions for Protein: Q9BSE4

HERPUD2, Homocysteine-responsive endoplasmic reticulum-resident ubiquitin-like domain member 2 protein, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERPUD2Q9BSE4 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 AP004608.1-203ENST00000528482 3679 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 TMEM65-201ENST00000297632 9029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 POLR2E-213ENST00000615234 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 CDCA7-202ENST00000347703 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 AC011603.1-201ENST00000553174 717 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 AC090825.1-203ENST00000558188 582 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 SCAF11-204ENST00000395454 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 PNMA1-201ENST00000316836 2590 ntAPPRIS P1 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 FP565260.6-204ENST00000620528 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 RADIL-201ENST00000399583 3689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 PLAU-202ENST00000446342 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 TGFB1I1-201ENST00000361773 1773 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 DRD5P1-201ENST00000456605 1438 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 STRN3-201ENST00000355683 3970 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 VRK3-207ENST00000594092 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 AC090099.1-203ENST00000527059 2945 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 SURF6-201ENST00000372022 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 APOBEC3A-202ENST00000402255 1478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 AC104758.3-201ENST00000563349 1453 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 SERTAD4-201ENST00000367012 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 SLIT3-201ENST00000332966 4895 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 CPSF7-205ENST00000439958 3524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 KIF19-202ENST00000389916 3643 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 RGS9-202ENST00000443584 2078 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 C21orf58-202ENST00000397679 2900 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 HCST-201ENST00000246551 613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 PSMB6-201ENST00000270586 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 AC106886.2-201ENST00000483578 883 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 AC113383.1-201ENST00000514696 582 ntTSL 4 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 PXN-AS1-204ENST00000542265 854 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 TIMM17BP1-201ENST00000545713 516 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 PSMB6-205ENST00000614486 871 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 POMT1-204ENST00000402686 3038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 PMM2-201ENST00000268261 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 PDHX-201ENST00000227868 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 NCK1-201ENST00000288986 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 C7orf49-201ENST00000393114 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 AC027601.5-201ENST00000624065 2482 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 PHF3-209ENST00000509330 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 GNB2-202ENST00000393924 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 SFI1-209ENST00000443011 3579 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 C20orf166-AS1-203ENST00000475015 2585 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 ZNF683-201ENST00000349618 1610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 RPS9-205ENST00000402367 1617 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 ZPBP2-202ENST00000377940 2177 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 PPP1R16A-201ENST00000292539 2722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 XPO1-201ENST00000401558 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 ALG3-207ENST00000455059 1697 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 SCLT1-209ENST00000511426 1696 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 RAD51D-203ENST00000394589 2287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 LRRC6-205ENST00000519595 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
HERPUD2Q9BSE4 CHFR-204ENST00000443047 2990 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 PLEKHA4-201ENST00000263265 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 PDGFB-202ENST00000381551 1125 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 RCAN3-204ENST00000425530 997 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 AL158198.1-201ENST00000449143 380 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 GABARAPL1-217ENST00000545887 571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 LINC01703-202ENST00000602806 595 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 ALDH4A1-205ENST00000538309 1940 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 MAGIX-208ENST00000616266 3295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 DMTN-203ENST00000381470 2601 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 TMEM198B-201ENST00000471276 1958 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 MX1-218ENST00000619682 1980 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 ZDHHC11B-204ENST00000622126 1301 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 AC093525.8-201ENST00000624099 1342 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 PEG3-206ENST00000598410 5304 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 TPD52-201ENST00000379096 4041 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 PML-215ENST00000565898 5393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
HERPUD2Q9BSE4 ZNF890P-201ENST00000422060 1352 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52 ms