Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 TRIM7-201ENST00000274773 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SHANK2-204ENST00000409530 2123 ntTSL 5 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AL445931.1-201ENST00000412181 2112 ntTSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 HPSE-206ENST00000512196 1571 ntTSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 RPL39L-201ENST00000296277 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 DMAC2-202ENST00000301183 1134 ntTSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CYTL1-201ENST00000307746 1003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CDK2-202ENST00000354056 1260 ntTSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 GTF2A2-204ENST00000396063 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC017104.1-201ENST00000415129 720 ntTSL 3 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 LINC01665-201ENST00000422917 1241 ntTSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 DGCR5-204ENST00000440005 1299 ntTSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 HBS1L-208ENST00000525067 582 ntTSL 3 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 IL32-222ENST00000533097 814 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 C1RL-212ENST00000545337 813 ntTSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC091891.1-201ENST00000560688 688 ntTSL 3 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AP002360.2-202ENST00000572035 738 ntTSL 3 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 TBCB-211ENST00000589996 724 ntTSL 3 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 YIF1B-216ENST00000592694 1181 ntTSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 IL32-201ENST00000008180 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AL162311.3-201ENST00000555918 2867 ntTSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 PRSS50-201ENST00000460241 2960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CRCP-201ENST00000338592 1393 ntTSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 TAF6-209ENST00000452041 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 NEU3-206ENST00000532963 1643 ntTSL 2 BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 MAGI1-201ENST00000330909 7415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.95□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ILDR1-202ENST00000344209 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 MAP3K4-201ENST00000348824 5295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 MBD1-202ENST00000269471 2980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SORCS1-201ENST00000263054 7272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AHCYP2-201ENST00000430630 1300 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC008770.3-201ENST00000590798 1562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 TSSK2-201ENST00000399635 1816 ntAPPRIS P1 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF7-214ENST00000478679 1833 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CHST10-201ENST00000264249 2842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 PPFIBP2-201ENST00000299492 3557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 JARID2-201ENST00000341776 5755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AL138709.1-201ENST00000614840 1693 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 MIB2-202ENST00000378708 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CHRNG-202ENST00000389494 2262 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 NDUFV1-202ENST00000415352 1512 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 UBE3B-212ENST00000540230 1541 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 KLK1-201ENST00000301420 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ZNRD1-201ENST00000332435 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 MIR326-201ENST00000362220 95 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 TNFAIP8L2-201ENST00000368910 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC128709.2-201ENST00000438408 558 ntTSL 4 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC245100.3-201ENST00000441281 285 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 PGAP2-209ENST00000464261 830 ntTSL 3 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC012640.1-201ENST00000509915 688 ntTSL 3 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CLRN2-201ENST00000511148 823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 FAM86HP-204ENST00000513466 959 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AAMDC-206ENST00000526415 579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AURKB-202ENST00000534871 1167 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AL355102.5-201ENST00000554769 572 ntTSL 4 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ACYP1-206ENST00000555694 565 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC090825.1-203ENST00000558188 582 ntTSL 3 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC012568.1-201ENST00000558463 472 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 STXBP2-221ENST00000602355 716 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AL160412.1-202ENST00000616819 663 ntTSL 4 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 GPR39-203ENST00000622084 900 ntTSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CR381653.1-201ENST00000622961 812 ntTSL 3 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC132938.4-201ENST00000623835 848 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 TGFB1I1-203ENST00000394863 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 GLIS2-201ENST00000262366 4469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 BECN1-213ENST00000590099 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 GAK-201ENST00000314167 4442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 KLHDC3-203ENST00000332245 1494 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SLC25A19-202ENST00000375261 1486 ntTSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC127383.1-201ENST00000444697 1800 ntBASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AGRN-201ENST00000379370 7323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 PGAP2-205ENST00000396993 1566 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 NEK7-202ENST00000367385 4149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC14.94□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 FAM49B-201ENST00000401979 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AC022188.1-201ENST00000620960 1664 ntBASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 AFF3-203ENST00000409579 4342 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 RBPMS-204ENST00000397323 2941 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 PLA1A-201ENST00000273371 1786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 EIF4A1-201ENST00000293831 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 IFNAR1-201ENST00000270139 6139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 WDTC1-202ENST00000361771 4275 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 RABL2B-204ENST00000395593 2341 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 ATP6AP2-217ENST00000636580 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CKMT2-201ENST00000254035 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 C21orf33-202ENST00000348499 1506 ntTSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 CAAP1-206ENST00000625311 1532 ntTSL 2 BASIC14.93□□□□□ -0.02
CCDC3Q9BQI4 RSRP1-202ENST00000431849 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.93□□□□□ -0.02
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