Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC26.65■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
VPS54Q9P1Q0 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS54Q9P1Q0 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
VPS54Q9P1Q0 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16 ms