Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC27.66■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
USP40Q9NVE5 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC27.61■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.59■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
USP40Q9NVE5 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.57■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC27.55■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 AC024257.2-201ENST00000549699 147 ntBASIC27.54■■■□□ 2
USP40Q9NVE5 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC27.54■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.5 ms