Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

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Length 608 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC23.95■■□□□ 1.43
TDP1Q9NUW8 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.9■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.42
TDP1Q9NUW8 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC23.88■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
TDP1Q9NUW8 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
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