Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
ZNF541Q9H0D2 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
ZNF541Q9H0D2 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
ZNF541Q9H0D2 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
ZNF541Q9H0D2 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
ZNF541Q9H0D2 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
ZNF541Q9H0D2 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
ZNF541Q9H0D2 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
ZNF541Q9H0D2 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
ZNF541Q9H0D2 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
ZNF541Q9H0D2 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
ZNF541Q9H0D2 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
ZNF541Q9H0D2 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
ZNF541Q9H0D2 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC28.13■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC28.12■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC28.09■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC28.08■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
ZNF541Q9H0D2 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC28.06■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC28.06■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
ZNF541Q9H0D2 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms