Protein–RNA interactions for Protein: Q96QK1

VPS35, Vacuolar protein sorting-associated protein 35, humanhuman

Predictions only

Length 796 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS35Q96QK1 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS35Q96QK1 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS35Q96QK1 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
VPS35Q96QK1 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms