Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.93■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.92■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.46
CCDC140Q96MF4 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
CCDC140Q96MF4 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
CCDC140Q96MF4 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms