Protein–RNA interactions for Protein: Q86UA1

PRPF39, Pre-mRNA-processing factor 39, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF39Q86UA1 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC23.85■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC23.84■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
PRPF39Q86UA1 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC23.8■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
PRPF39Q86UA1 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.39
PRPF39Q86UA1 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
PRPF39Q86UA1 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
PRPF39Q86UA1 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
PRPF39Q86UA1 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
PRPF39Q86UA1 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
PRPF39Q86UA1 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
PRPF39Q86UA1 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
PRPF39Q86UA1 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.6 ms