Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP4Q13107 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP4Q13107 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP4Q13107 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP4Q13107 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP4Q13107 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP4Q13107 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP4Q13107 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP4Q13107 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP4Q13107 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP4Q13107 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP4Q13107 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP4Q13107 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP4Q13107 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP4Q13107 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP4Q13107 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP4Q13107 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP4Q13107 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
USP4Q13107 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP4Q13107 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP4Q13107 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP4Q13107 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP4Q13107 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP4Q13107 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP4Q13107 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP4Q13107 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP4Q13107 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP4Q13107 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
USP4Q13107 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP4Q13107 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP4Q13107 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP4Q13107 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP4Q13107 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP4Q13107 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP4Q13107 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP4Q13107 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP4Q13107 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
USP4Q13107 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP4Q13107 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP4Q13107 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
USP4Q13107 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.46
USP4Q13107 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
USP4Q13107 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP4Q13107 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP4Q13107 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP4Q13107 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP4Q13107 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP4Q13107 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP4Q13107 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
USP4Q13107 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP4Q13107 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP4Q13107 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
USP4Q13107 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP4Q13107 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP4Q13107 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
USP4Q13107 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
USP4Q13107 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP4Q13107 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP4Q13107 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP4Q13107 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP4Q13107 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP4Q13107 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP4Q13107 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP4Q13107 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP4Q13107 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP4Q13107 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
USP4Q13107 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP4Q13107 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP4Q13107 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP4Q13107 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP4Q13107 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
USP4Q13107 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP4Q13107 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
USP4Q13107 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP4Q13107 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP4Q13107 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
USP4Q13107 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP4Q13107 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP4Q13107 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP4Q13107 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
USP4Q13107 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP4Q13107 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP4Q13107 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP4Q13107 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
USP4Q13107 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
USP4Q13107 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP4Q13107 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP4Q13107 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP4Q13107 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP4Q13107 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP4Q13107 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP4Q13107 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
USP4Q13107 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
USP4Q13107 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
USP4Q13107 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC24.08■■□□□ 1.44
USP4Q13107 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
USP4Q13107 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP4Q13107 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP4Q13107 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
USP4Q13107 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
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