Protein–RNA interactions for Protein: P55317

FOXA1, Hepatocyte nuclear factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 472 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
FOXA1P55317 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
FOXA1P55317 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
FOXA1P55317 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
FOXA1P55317 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
FOXA1P55317 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
FOXA1P55317 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
FOXA1P55317 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
FOXA1P55317 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
FOXA1P55317 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
FOXA1P55317 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
FOXA1P55317 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
FOXA1P55317 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
FOXA1P55317 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
FOXA1P55317 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
FOXA1P55317 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
FOXA1P55317 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
FOXA1P55317 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
FOXA1P55317 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
FOXA1P55317 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
FOXA1P55317 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
FOXA1P55317 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
FOXA1P55317 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
FOXA1P55317 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
FOXA1P55317 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
FOXA1P55317 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
FOXA1P55317 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
FOXA1P55317 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
FOXA1P55317 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
FOXA1P55317 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
FOXA1P55317 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
FOXA1P55317 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
FOXA1P55317 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
FOXA1P55317 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
FOXA1P55317 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms