Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
SHMT2P34897 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SHMT2P34897 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.5 ms