Protein–RNA interactions for Protein: P34896

SHMT1, Serine hydroxymethyltransferase, cytosolic, humanhuman

Predictions only

Length 483 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT1P34896 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
SHMT1P34896 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
SHMT1P34896 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC27.29■■□□□ 1.96
SHMT1P34896 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
SHMT1P34896 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
SHMT1P34896 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
SHMT1P34896 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
SHMT1P34896 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
SHMT1P34896 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
SHMT1P34896 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
SHMT1P34896 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
SHMT1P34896 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
SHMT1P34896 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
SHMT1P34896 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
SHMT1P34896 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
SHMT1P34896 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
SHMT1P34896 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
SHMT1P34896 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC27.27■■□□□ 1.96
SHMT1P34896 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
SHMT1P34896 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
SHMT1P34896 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC27.15■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
SHMT1P34896 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.7 ms