Protein–RNA interactions for Protein: P31431

SDC4, Syndecan-4, humanhuman

Predictions only

Length 198 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC4P31431 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SDC4P31431 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SDC4P31431 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SDC4P31431 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SDC4P31431 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SDC4P31431 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SDC4P31431 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SDC4P31431 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SDC4P31431 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SDC4P31431 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SDC4P31431 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SDC4P31431 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SDC4P31431 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SDC4P31431 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SDC4P31431 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SDC4P31431 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
SDC4P31431 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SDC4P31431 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SDC4P31431 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SDC4P31431 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SDC4P31431 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SDC4P31431 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SDC4P31431 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SDC4P31431 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SDC4P31431 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SDC4P31431 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SDC4P31431 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SDC4P31431 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SDC4P31431 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SDC4P31431 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SDC4P31431 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SDC4P31431 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SDC4P31431 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SDC4P31431 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SDC4P31431 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
SDC4P31431 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SDC4P31431 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SDC4P31431 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SDC4P31431 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SDC4P31431 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
SDC4P31431 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SDC4P31431 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SDC4P31431 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SDC4P31431 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SDC4P31431 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SDC4P31431 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SDC4P31431 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
SDC4P31431 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SDC4P31431 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SDC4P31431 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SDC4P31431 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SDC4P31431 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SDC4P31431 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SDC4P31431 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SDC4P31431 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SDC4P31431 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SDC4P31431 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SDC4P31431 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC4P31431 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC4P31431 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC4P31431 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC4P31431 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC4P31431 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC4P31431 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC4P31431 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC4P31431 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC4P31431 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC4P31431 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC4P31431 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC4P31431 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SDC4P31431 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SDC4P31431 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SDC4P31431 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SDC4P31431 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SDC4P31431 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SDC4P31431 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
SDC4P31431 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SDC4P31431 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SDC4P31431 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SDC4P31431 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SDC4P31431 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SDC4P31431 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SDC4P31431 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SDC4P31431 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SDC4P31431 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SDC4P31431 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SDC4P31431 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
SDC4P31431 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
SDC4P31431 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
SDC4P31431 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
SDC4P31431 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
SDC4P31431 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
SDC4P31431 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
SDC4P31431 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SDC4P31431 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SDC4P31431 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SDC4P31431 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SDC4P31431 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SDC4P31431 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SDC4P31431 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.5 ms