Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC25.84■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC25.83■■□□□ 1.73
COL6A1P12109 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
COL6A1P12109 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
COL6A1P12109 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.7 ms