Protein–RNA interactions for Protein: O15259

NPHP1, Nephrocystin-1, humanhuman

Predictions only

Length 732 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP1O15259 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC29.14■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
NPHP1O15259 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC29.12■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC29.12■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC29.11■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC29.11■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC29.11■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC29.08■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
NPHP1O15259 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC29.07■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC29.05■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.24
NPHP1O15259 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP1O15259 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms