Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 KRT8-205ENST00000546897 1755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 SCGN-202ENST00000377961 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 ARHGAP25-216ENST00000497079 1843 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 CATSPER2P1-203ENST00000429276 1466 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 EHF-210ENST00000531794 1481 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 TRPC6-203ENST00000360497 2631 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 NIT1-203ENST00000368009 1362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 TARBP2-203ENST00000456234 1368 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 CACFD1-202ENST00000316948 2794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 PRKRIP1-208ENST00000496391 3430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 KLK6-201ENST00000310157 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 MAP2K3-201ENST00000316920 1246 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 C2orf15-202ENST00000409684 1058 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 LINC01433-201ENST00000419003 697 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 AC006455.8-201ENST00000451381 351 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 LINC02440-201ENST00000545276 680 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 NPTN-204ENST00000562924 1094 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 SNORD3B-2-202ENST00000571722 791 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 AC005696.1-201ENST00000572876 443 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 ZNF286A-219ENST00000585194 607 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 RNASEK-210ENST00000593646 566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 AC244394.1-201ENST00000435000 1665 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 CDPF1-203ENST00000404583 1439 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 FOLH1-201ENST00000256999 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 ZNF706-201ENST00000311212 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 CHAF1A-201ENST00000301280 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 ENDOV-213ENST00000520367 2680 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 EXOC7-213ENST00000467929 2260 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 GPN3-201ENST00000228827 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 SLAIN1-216ENST00000488699 1461 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 CKMT1B-201ENST00000300283 1779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 CKMT1A-204ENST00000434505 1779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 FAM90A7P-201ENST00000382628 1395 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 FAM90A23P-201ENST00000400136 1395 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 RBFOX1-205ENST00000436368 1530 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 RAB3IP-204ENST00000378815 2386 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 SPACA3-201ENST00000269053 817 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 RPL35-201ENST00000348462 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 AC026410.1-201ENST00000507366 1101 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 RPS25-202ENST00000527673 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 AC100827.2-201ENST00000563214 1194 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 ERVK13-1-204ENST00000566343 567 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 SPACA3-205ENST00000580599 949 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 MIR4649-201ENST00000582839 64 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 RN7SL163P-201ENST00000583100 276 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 AC008805.1-201ENST00000590892 364 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 RPL35-206ENST00000629845 340 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 FKBP4P6-201ENST00000457486 1332 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 UBAC2-AS1-201ENST00000426037 1771 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 RAI2-204ENST00000451717 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 MEGF10-206ENST00000508365 2365 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 AC007495.1-201ENST00000501259 2678 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 FAM210B-201ENST00000371384 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 AC011840.2-201ENST00000563063 1520 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 ATP6V0A1-204ENST00000537728 2774 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 AC138035.3-201ENST00000622706 2791 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 TRPC6-206ENST00000532133 2648 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 BEGAIN-201ENST00000355173 2674 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 KIAA1614-AS1-201ENST00000415647 1440 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 AL512430.1-201ENST00000392575 860 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 NUBP1-202ENST00000433392 1185 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 AC004869.1-201ENST00000440935 540 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 DCTPP1-202ENST00000565758 749 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 AC127024.7-201ENST00000625101 200 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 MBD4-204ENST00000503197 2099 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 WDR1-202ENST00000382451 2722 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 SPATC1-202ENST00000447830 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 TAMM41-205ENST00000444133 1619 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 TUFT1-201ENST00000353024 2107 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 SEPT11-203ENST00000502584 2615 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 AC245100.1-201ENST00000452996 1331 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 GLS2-217ENST00000623608 2518 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 TSC1-202ENST00000403810 1507 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 THAP10-201ENST00000249861 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 SYT3-201ENST00000338916 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 SLC13A5-208ENST00000573648 1723 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 LEKR1-209ENST00000491763 1940 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 MST1L-201ENST00000442552 2185 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 UBE4B-203ENST00000377153 1273 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
COL4A4P53420 THAP4-202ENST00000402136 785 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.5 ms