Protein–RNA interactions for Protein: P12110

COL6A2, Collagen alpha-2(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,019 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A2P12110 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 ALK-201ENST00000389048 6220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 SLC41A1-201ENST00000367137 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 EFHC1-212ENST00000635984 3293 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 AGBL3-202ENST00000435976 2495 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 ZNF777-201ENST00000247930 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 RASGEF1A-204ENST00000395810 3235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 SF1-209ENST00000433274 2317 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 TOP3B-201ENST00000357179 2863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 TGIF2-202ENST00000373874 3432 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 TBCE-201ENST00000366601 1966 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 SLC39A9-209ENST00000556605 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 ADAM23-202ENST00000374415 2714 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 SHANK3-201ENST00000262795 7091 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 NKIRAS1-203ENST00000415901 1644 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 MTHFR-210ENST00000641407 2387 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 BRAP-201ENST00000327551 1947 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 RPL18A-201ENST00000222247 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 BCKDHA-201ENST00000269980 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 AC092910.3-202ENST00000469070 982 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 MAPKAPK5-203ENST00000547305 494 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 PCDHGC3-204ENST00000617222 731 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 SLC24A3-201ENST00000328041 3929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 AC007743.1-201ENST00000596663 3075 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 GDPD3-202ENST00000406256 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 DUSP26-203ENST00000523956 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 C1orf159-202ENST00000379320 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 MROH1-201ENST00000326134 5183 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 CD209-207ENST00000593660 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 SIMC1-205ENST00000443967 3572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 ZNF587-203ENST00000423137 1974 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 NR6A1-205ENST00000487099 7031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 PRF1-201ENST00000373209 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 SAFB-202ENST00000454510 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 FADS1-201ENST00000350997 4525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 AC126755.1-201ENST00000525846 6405 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 ACOT7-210ENST00000608083 1403 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 TLL1-206ENST00000513213 1829 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 CDKN2AIP-201ENST00000302350 2646 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 LINC00476-204ENST00000429781 2825 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 RALGDS-202ENST00000372050 3634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 CROCC-201ENST00000375541 6656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 KDM5C-205ENST00000404049 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 UBXN2B-201ENST00000399598 5068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 LHFPL2-207ENST00000515007 4680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 SLC30A5-209ENST00000621204 3999 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 CCNDBP1-201ENST00000300213 3660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 CACNA2D3-202ENST00000415676 3661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 AC018529.2-202ENST00000611482 3087 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 AC025674.2-201ENST00000522622 2971 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 PAX8-AS1-204ENST00000436293 2687 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 TPD52L2-202ENST00000346249 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 NFYC-205ENST00000372654 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 MAP7-207ENST00000616617 4326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 LDOC1-201ENST00000370526 1381 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 LINC02381-201ENST00000508564 1369 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 SPEM1-201ENST00000323675 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 TMEM205-201ENST00000354882 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 CENPM-205ENST00000404067 905 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 CENPM-206ENST00000407253 818 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 RAD18-204ENST00000418463 563 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 RAD18-205ENST00000421052 582 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 AC113383.1-201ENST00000514696 582 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 OIP5-AS1-209ENST00000561226 775 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 IGHV3OR16-13-201ENST00000562905 353 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 TMEM205-205ENST00000586590 677 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 TMEM205-207ENST00000586956 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 WNT1-202ENST00000613114 1278 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 AC247036.4-201ENST00000632099 353 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 PAX3-203ENST00000344493 3109 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 LINC00667-206ENST00000582363 2935 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 TTC39A-208ENST00000413473 2718 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 NUTM2D-202ENST00000412718 5543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 ARHGEF7-204ENST00000375736 5032 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 PRDM6-201ENST00000407847 9267 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 LETMD1-203ENST00000418425 2123 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 PDP1-203ENST00000517764 2140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 TRAK1-208ENST00000484786 2008 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 ACRBP-201ENST00000229243 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 BX640514.1-201ENST00000583223 1918 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 C1orf43-206ENST00000368521 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 TSC22D1-211ENST00000501704 4026 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 UBE4B-201ENST00000253251 4772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 GTF2IRD1-203ENST00000455841 3315 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 DNAJB1-201ENST00000254322 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 ZFPM2-206ENST00000520492 3960 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 ETNPPL-201ENST00000296486 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 MAGED2-201ENST00000218439 1958 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.2 ms