Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 PHRF1-203ENST00000416188 5227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 ALDOA-228ENST00000627059 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 IGHA1-202ENST00000641837 1310 ntAPPRIS P5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
LIMCH1Q9UPQ0 SPEG-205ENST00000396698 3379 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 DUS2-207ENST00000565263 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 EFNB1-201ENST00000204961 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 UPK2-201ENST00000264031 916 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 C16orf92-201ENST00000300575 895 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 CLTA-203ENST00000396603 1090 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 S100A14-206ENST00000476873 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 MEIS3P1-201ENST00000495167 958 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 C8orf88-201ENST00000517562 894 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 MRNIP-220ENST00000523084 1096 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 C11orf98-202ENST00000525675 405 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC009407.1-201ENST00000568958 598 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AL391069.4-201ENST00000609583 481 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 GRIA3-205ENST00000611689 936 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AL158212.4-201ENST00000624062 1286 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 FAM160B1-202ENST00000369248 5810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD46-205ENST00000520311 3270 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 CECR7-202ENST00000441006 2726 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 GHRLOS-201ENST00000439539 1708 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 FUS-201ENST00000254108 5119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 STK40-204ENST00000373132 3621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 CASR-202ENST00000498619 5009 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 MAPK7-203ENST00000395602 3059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SLC38A5-212ENST00000619100 2100 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SLC38A5-214ENST00000622196 2100 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SEPT9-208ENST00000541152 3026 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 FP565260.6-204ENST00000620528 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 CTBP1-209ENST00000510568 4250 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 TRAPPC8-210ENST00000582513 3205 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 GALNT16-202ENST00000448469 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 TBX5-203ENST00000405440 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 C15orf52-206ENST00000559313 3022 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 C5orf30-202ENST00000510890 2933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AL354714.1-201ENST00000356006 2136 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 KANK2-201ENST00000586659 5162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AL360270.3-201ENST00000609118 1348 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 F2-201ENST00000311907 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 HCST-201ENST00000246551 613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 CHIA-203ENST00000353665 1214 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 DSCR3-204ENST00000399001 821 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC108449.3-201ENST00000560714 585 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 UBTF-204ENST00000436088 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 MAGED2-201ENST00000218439 1958 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 C1orf159-202ENST00000379320 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 EFHC1-212ENST00000635984 3293 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ARNT2-209ENST00000622346 2932 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 CAMTA1-201ENST00000303635 8444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 LRRTM1-201ENST00000295057 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 TLX1NB-202ENST00000445873 1862 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ROBO1-209ENST00000495273 5600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 TM6SF2-201ENST00000389363 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 PDE1B-207ENST00000550620 2150 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 LCOR-202ENST00000356016 4834 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 TLL1-206ENST00000513213 1829 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 TCP1-201ENST00000321394 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 HEMK1-201ENST00000232854 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 DYSF-207ENST00000409762 6727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 DYSF-211ENST00000429174 6739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 BTBD7P1-201ENST00000447253 1453 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ZSWIM8-AS1-201ENST00000456638 1460 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF16-203ENST00000378378 3061 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 KCNC2-208ENST00000549446 5625 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 NOS1AP-205ENST00000493151 5559 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SLC30A5-209ENST00000621204 3999 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 KSR1-216ENST00000582410 2392 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SEMA5B-201ENST00000195173 4523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHA7-201ENST00000356878 2922 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 STYXL1-203ENST00000359697 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00839-202ENST00000429940 2253 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 PKD1P5-201ENST00000532415 10291 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 PITPNM2-208ENST00000542749 6660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 PDGFRL-201ENST00000251630 1901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 SYT17-201ENST00000355377 3081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 CLPTM1-202ENST00000541297 2732 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ZMYND15-204ENST00000573751 2409 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 DUPD1-201ENST00000338487 663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 STAM-202ENST00000377524 2972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 DIRC3-201ENST00000423123 552 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC241585.1-201ENST00000433527 519 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 FOLR3-201ENST00000442948 805 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF26-AS1-201ENST00000467912 628 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 AC004066.1-201ENST00000502488 802 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
LIMCH1Q9UPQ0 PDP1-203ENST00000517764 2140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.6 ms