Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 NPNT-201ENST00000305572 3003 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SLC5A6-203ENST00000408041 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 UBE2J1-201ENST00000435041 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SIX5-204ENST00000622857 1401 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AL138799.1-201ENST00000448213 1675 ntBASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 KCNJ2-202ENST00000535240 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 LCK-202ENST00000336890 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 CLDND1-215ENST00000507874 1380 ntTSL 3 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AP003392.4-202ENST00000526453 1359 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 RSPO1-204ENST00000615459 2331 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 TKT-202ENST00000423516 2075 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 FBXL16-202ENST00000397621 3547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 COL26A1-203ENST00000613501 2970 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 B3GALNT1-203ENST00000392781 3606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 UBE3A-207ENST00000614096 8741 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 CCDC88B-201ENST00000301897 870 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 CACNG5-201ENST00000307139 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 RUFY2-202ENST00000342616 983 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 MTHFSD-202ENST00000381214 1210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC092614.1-201ENST00000419640 909 ntTSL 3 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 U82695.1-202ENST00000428676 700 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 OLR1-203ENST00000432556 950 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 FAM197Y7-201ENST00000432892 766 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 MACROD2-AS1-202ENST00000455291 663 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 GLYCTK-203ENST00000461183 889 ntTSL 3 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 RPARP-AS1-201ENST00000473970 1297 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC008808.1-201ENST00000508923 432 ntTSL 3 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC126768.2-201ENST00000511693 718 ntTSL 3 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SNHG9-201ENST00000531523 275 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AL583722.2-201ENST00000557223 663 ntTSL 3 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC046168.2-201ENST00000560590 875 ntTSL 3 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC068473.4-201ENST00000587527 585 ntTSL 4 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 TNNT1-212ENST00000588981 1163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 UBL5-208ENST00000593087 320 ntTSL 3 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 EGLN2-209ENST00000594140 991 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SPATA21-206ENST00000612240 603 ntTSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 HTT-AS1_1.1-201ENST00000612914 230 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 CD34-202ENST00000356522 2874 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 PDZD4-202ENST00000393758 3763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 C7orf49-201ENST00000393114 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 MEIOC-201ENST00000409122 4604 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC009053.1-201ENST00000566802 2320 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 MCM7-203ENST00000354230 2975 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 CHI3L2-212ENST00000524472 1435 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC13-201ENST00000399351 2283 ntTSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 LFNG-205ENST00000402506 2268 ntTSL 2 BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SCN3B-201ENST00000299333 5665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.99□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 PSMC3-212ENST00000602866 1373 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 TCP10L2-202ENST00000366832 2185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 NOMO2-203ENST00000543392 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 KRT8P35-201ENST00000483942 1338 ntBASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 PSMD8-209ENST00000602911 1330 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 RDM1-224ENST00000619262 1535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 TNIP1-217ENST00000523200 1743 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 GFM1-208ENST00000478576 2147 ntTSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 FGFR4-201ENST00000292408 3122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SLC2A13-202ENST00000380858 3082 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 KLHL26-201ENST00000300976 4407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 DYNLRB2-201ENST00000305904 497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SPDYE7P-201ENST00000355920 1064 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 GUK1-206ENST00000366723 845 ntTSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 C9orf16-201ENST00000372994 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 LYPLAL1-AS1-201ENST00000441331 724 ntTSL 3 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AL049698.1-202ENST00000441716 757 ntTSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SLC45A2-204ENST00000509381 1040 ntTSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC091271.1-201ENST00000611877 1162 ntBASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC145423.3-201ENST00000615987 467 ntBASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC138951.2-201ENST00000623455 1161 ntBASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 RFPL2-203ENST00000400237 2407 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 CHD4-201ENST00000357008 6496 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 CICP13-201ENST00000422015 2789 ntBASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 FAM83G-201ENST00000345041 2929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SEPT5-204ENST00000406395 1974 ntTSL 5 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 NCK1-201ENST00000288986 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 ABR-205ENST00000544583 5595 ntTSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 MINDY2-203ENST00000559228 9238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.98□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 CORO6-201ENST00000345068 2603 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 GDE1-201ENST00000353258 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 APC2-201ENST00000233607 10151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN30-212ENST00000639929 1305 ntTSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AL353997.2-201ENST00000579352 4955 ntTSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 WASF1-207ENST00000392589 3220 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 CCDC144B-202ENST00000445752 2197 ntTSL 2 BASIC14.97□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 TGIF1-201ENST00000330513 1980 ntTSL 1 (best) BASIC14.97□□□□□ -0.01
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