Protein–RNA interactions for Protein: Q502W7

CCDC38, Coiled-coil domain-containing protein 38, humanhuman

Predictions only

Length 563 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC38Q502W7 ZDHHC3-201ENST00000296127 3101 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 ARHGAP9-213ENST00000550288 2818 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 RALYL-207ENST00000521695 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 UBE2D4-201ENST00000222402 3974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 CUEDC1-206ENST00000577830 3621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 ATF7-205ENST00000548446 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 STAT1-203ENST00000392323 2723 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 TNIK-202ENST00000341852 4727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 CTRB2-201ENST00000303037 901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 AL354714.1-201ENST00000356006 2136 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 HTR3E-202ENST00000415389 2139 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 MTND6P24-201ENST00000440466 518 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 AKR1E2-212ENST00000532248 844 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 LPO-210ENST00000582328 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
CCDC38Q502W7 SCAMP4-202ENST00000409472 2394 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 ERN2-202ENST00000457008 3169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 PTPN9-201ENST00000306726 3862 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 DPEP1-202ENST00000393092 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 MUTYH-209ENST00000448481 1706 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 CRHBP-201ENST00000274368 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 FRMD5-201ENST00000402883 4091 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 TOB1-202ENST00000499247 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 TNFRSF11A-206ENST00000617039 3756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 CYB5R1-201ENST00000367249 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 MBD1-211ENST00000585595 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 NCKIPSD-204ENST00000416649 2925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 GTF3C5-204ENST00000372108 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 NOTCH4-201ENST00000375023 6745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 AC018755.2-201ENST00000599649 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 HSD17B6-206ENST00000555159 1525 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 ZNF664-204ENST00000538932 4321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 RPL30-202ENST00000396070 440 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 AL513327.2-201ENST00000432703 490 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 AC004967.1-201ENST00000453589 447 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 NDUFAF5-203ENST00000463598 991 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 COX5A-203ENST00000564811 568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 HEXIM2-206ENST00000591576 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 AC005759.1-201ENST00000594805 855 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 USP35-204ENST00000530267 2419 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 ANKLE2-210ENST00000542657 2446 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 FHDC1-202ENST00000511601 6583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 AC041040.2-201ENST00000622926 2899 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 HPCAL1-202ENST00000381765 1904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 MAP3K11-208ENST00000530153 2830 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 TACR2-201ENST00000373306 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 MAGEA8-205ENST00000542674 2084 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 PDIA4-201ENST00000286091 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 CCDC116-201ENST00000292779 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 MSI2-206ENST00000579180 1635 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 MYADM-205ENST00000391771 3111 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 MAMSTR-201ENST00000318083 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 SPATS2L-209ENST00000409988 2698 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 AGAP1-201ENST00000304032 10832 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 RPH3AL-202ENST00000331302 2606 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 CHRNA7-201ENST00000306901 6181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 SCNN1D-205ENST00000379116 3044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 KIFC3-207ENST00000543930 3018 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 SLC12A7-201ENST00000264930 5280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 NIPAL3-204ENST00000374399 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 LARP4-219ENST00000614335 1949 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 ADAM23-202ENST00000374415 2714 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 PLA2G4B-202ENST00000458483 2734 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 BIRC2-214ENST00000621637 3331 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 GRAMD4-202ENST00000406902 4484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 STUM-202ENST00000366789 4093 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 TJP3-207ENST00000589378 3068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 SERPINE3-204ENST00000524365 2293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 ACSM1-204ENST00000520010 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC38Q502W7 PRDM16-203ENST00000378391 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.6 ms