Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 NKIRAS1-201ENST00000388759 2335 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 COL23A1-202ENST00000407622 2329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 RMND1-202ENST00000367303 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 ZNF7-202ENST00000446747 2242 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 CLEC18A-209ENST00000615430 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 CLEC18C-211ENST00000618957 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 CLEC18B-205ENST00000619275 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 GOSR2-203ENST00000415811 2171 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 VAMP2-202ENST00000404970 1479 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 FAS-202ENST00000352159 1722 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 BAK1P1-201ENST00000317045 636 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 HIST1H1B-201ENST00000331442 681 ntAPPRIS P1 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 RNA5SP359-201ENST00000364838 113 ntBASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 SKA2-202ENST00000437036 625 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 C17orf62-216ENST00000578919 841 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.77■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 HOXD3-201ENST00000249440 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 TMCO5B-204ENST00000529696 1568 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 SOCS3-201ENST00000330871 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 AC006019.1-201ENST00000425591 2470 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 ASL-201ENST00000304874 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 GTF3C5-204ENST00000372108 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 ANKDD1A-202ENST00000395720 1518 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 CTTN-202ENST00000346329 3272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 LDB3-208ENST00000623007 1664 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 PRTFDC1-202ENST00000376376 741 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 MIR566-201ENST00000385187 94 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 AP003068.3-201ENST00000527789 175 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 POLD4-206ENST00000530584 899 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 AC010754.1-201ENST00000582300 1061 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 PEBP1P2-201ENST00000603980 558 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 AC073592.2-201ENST00000623062 780 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 A1BG-AS1-204ENST00000595302 2130 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 MLF1-216ENST00000618075 2116 ntTSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 LIMS1-202ENST00000338045 1876 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 MAPKAP1-202ENST00000350766 3256 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 CHRNA1-203ENST00000409219 1466 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 SLC2A6-201ENST00000371897 2301 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 ALAS2-202ENST00000335854 1795 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 MOGAT2-201ENST00000198801 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 MMP7-201ENST00000260227 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 XBP1P1-201ENST00000436573 652 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 AL139420.2-201ENST00000449439 410 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 AC244197.1-201ENST00000456494 951 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 AC105362.1-201ENST00000511234 564 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 LTB4R2-202ENST00000528054 3092 ntBASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 AC069185.1-202ENST00000533405 471 ntTSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 PIN1-207ENST00000588695 648 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 PLCL2-204ENST00000615277 4147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 HSP90B1-201ENST00000299767 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 LTF-202ENST00000417439 2130 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 AL391361.3-201ENST00000420601 379 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 RHBDD2-203ENST00000428119 1274 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 BRI3P1-201ENST00000440440 378 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 PRRC2B-207ENST00000458550 899 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 TIMM17B-204ENST00000465150 964 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 PAQR9-AS1-203ENST00000497652 516 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 AREG-202ENST00000502307 956 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 AC090001.1-201ENST00000553194 467 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 ALKBH7-202ENST00000596657 603 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 AL139339.2-201ENST00000608063 657 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 FXYD6-FXYD2-202ENST00000614497 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 AC011471.3-201ENST00000623576 402 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 BABAM2-204ENST00000379624 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 IQCF3-205ENST00000456080 1685 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 ENO3-202ENST00000518175 1448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 VRK3-207ENST00000594092 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 NHP2-202ENST00000314397 599 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 XPNPEP2-201ENST00000371105 912 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 LINC00173-201ENST00000470091 435 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 PRB3-202ENST00000538488 1283 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 NR2C2AP-207ENST00000544883 899 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 RN7SL470P-201ENST00000583069 259 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 AC133540.1-201ENST00000620845 1019 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 CYP4B1-215ENST00000640628 969 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 RPP40-202ENST00000380051 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 SWAP70-202ENST00000447399 3538 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 GCKR-201ENST00000264717 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 NR2C2-201ENST00000323373 2406 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 RGL2-247ENST00000497454 3278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 FAM180B-201ENST00000538490 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 ASAH1-221ENST00000636128 1608 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 LCE2C-201ENST00000368783 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CHD9Q3L8U1 EEF1B2-203ENST00000392222 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
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