Protein–RNA interactions for Protein: P12110

COL6A2, Collagen alpha-2(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,019 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A2P12110 AC105277.1-203ENST00000635492 1293 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 CDT1-201ENST00000301019 3240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 TRIM17-203ENST00000366697 2652 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 ACTL9-201ENST00000324436 1426 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 AC005840.4-201ENST00000541242 2494 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 AC018442.1-201ENST00000421439 2061 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 RNF222-202ENST00000399398 3062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 SEMA5B-201ENST00000195173 4523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 SLC44A2-201ENST00000335757 3671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 MAST1-201ENST00000251472 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 PMP22-201ENST00000312280 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 SHROOM4-201ENST00000289292 6261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 C17orf80-203ENST00000359042 3645 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 TRIM3-215ENST00000639856 2137 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 PRR23C-201ENST00000413199 2791 ntAPPRIS P1 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 CHD4-210ENST00000544040 6514 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 DNAJC14-203ENST00000357606 3416 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 XKR5-201ENST00000618742 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 HSPB7-202ENST00000375718 2415 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 CYB561-219ENST00000584031 3200 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 UPB1-202ENST00000382760 1928 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 HSD17B4-206ENST00000504811 2740 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 KCNK4-TEX40-201ENST00000539086 2733 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 RHPN1-201ENST00000289013 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 ADORA1-201ENST00000309502 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 ZNF785-202ENST00000470110 2867 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 RPSAP43-201ENST00000402237 625 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 TMEM191A-202ENST00000419950 663 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 AL161781.2-201ENST00000509911 739 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 AP006621.2-201ENST00000533938 284 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 PXN-AS1-202ENST00000538804 508 ntTSL 4 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 RHBDL2-203ENST00000540558 697 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 RNASEK-C17orf49-201ENST00000547302 900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 GPR39-203ENST00000622084 900 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 CKMT1A-208ENST00000626814 1073 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 CCDC68-204ENST00000591504 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 NEDD4L-202ENST00000356462 3335 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 ELMSAN1-202ENST00000394071 7721 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 TSEN2-205ENST00000444864 2697 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 SYAP1-201ENST00000380155 6129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 SHMT2-202ENST00000414700 2006 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 SHISA6-204ENST00000441885 7575 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 ZNF280D-207ENST00000559237 4902 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 IFNAR1-201ENST00000270139 6139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 CD244-202ENST00000368033 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 GFRA2-204ENST00000518077 1503 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 MSC-AS1-208ENST00000522519 1537 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 MFRP-201ENST00000360167 1663 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 AC011455.3-201ENST00000599996 1967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 PPP1R16A-201ENST00000292539 2722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 NHS-201ENST00000380060 8761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 DIS3-202ENST00000377780 5232 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 GRB2-203ENST00000392562 3729 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 RIOX2-202ENST00000360258 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 AP001627.1-201ENST00000437426 1754 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 ZNF683-201ENST00000349618 1610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 ADPRHL1-201ENST00000356501 1877 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 LONP1-202ENST00000540670 3002 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 SLC39A1-204ENST00000368623 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 ZBTB17-202ENST00000375743 2745 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 SEMA5B-206ENST00000451055 4579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 AC021683.3-202ENST00000592572 4440 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 ANXA4-202ENST00000409920 1414 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 HFE-208ENST00000397022 1280 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 TMEM120A-203ENST00000439537 1161 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 HFE-214ENST00000488199 781 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 SDHAP3-202ENST00000515467 728 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 CUEDC1-207ENST00000577840 875 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 AC010336.3-201ENST00000597156 667 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 AC000095.1-201ENST00000603208 874 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 LINC01115-203ENST00000606068 577 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 RHNO1-202ENST00000461997 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 MED16-203ENST00000325464 2922 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
COL6A2P12110 RCOR1-201ENST00000262241 5754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 TOR2A-202ENST00000373281 2477 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 LARP4-219ENST00000614335 1949 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 TP53INP1-201ENST00000342697 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
COL6A2P12110 PIKFYVE-202ENST00000308862 1640 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms