Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 CNPY1-203ENST00000636372 2259 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CYB561D1-204ENST00000420578 3326 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AGPS-201ENST00000264167 7764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC092718.8-201ENST00000640345 2892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.5■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SPN-201ENST00000360121 6894 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PPP1R26-206ENST00000605660 4502 ntAPPRIS P1 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CCDC110-209ENST00000510617 2592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 BRD2-202ENST00000374831 4807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ARFIP1-202ENST00000356064 1302 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TBP-206ENST00000540980 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CHSY3-201ENST00000305031 3850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 RUFY1-202ENST00000393438 2454 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SEPT11-206ENST00000505788 2079 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PLPPR4-203ENST00000457765 4846 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 UNC119B-201ENST00000344651 4404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 JRK-209ENST00000612905 9124 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 RHCE-205ENST00000349438 1235 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 MGST3-203ENST00000367885 680 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CD164L2-203ENST00000374030 993 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ARSEP1-201ENST00000420443 635 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AL353747.3-201ENST00000454185 579 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 IP6K1-203ENST00000460540 1260 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 C19orf24-202ENST00000469144 668 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 KRBOX4-206ENST00000478600 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TMEM161B-AS1-212ENST00000513011 833 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 RAB43P1-201ENST00000561790 589 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ORC6-206ENST00000568364 888 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 IFNL3-202ENST00000613087 734 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 GCM2-201ENST00000379491 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TBRG4-201ENST00000258770 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 NLGN4X-203ENST00000381093 5865 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TDRD6-201ENST00000316081 6817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 EIF4G1-204ENST00000352767 5484 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 NEK7-202ENST00000367385 4149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PDE4C-207ENST00000594617 4655 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SATB2-205ENST00000443023 6194 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ZFP28-201ENST00000301318 4096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 WRAP73-202ENST00000378322 1998 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ZBTB11-AS1-201ENST00000609682 2743 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SHISA2-201ENST00000319420 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SURF4-207ENST00000545297 2863 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PRDM15-201ENST00000269844 4881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TSNARE1-201ENST00000307180 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC018665.1-201ENST00000622927 1362 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 USP45-201ENST00000327681 6255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PLIN3-202ENST00000585479 1535 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 FAM230B-201ENST00000415376 1859 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC008079.1-201ENST00000434390 1859 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TMEM237-202ENST00000409444 5592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC134312.5-201ENST00000568031 1313 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 BNC1-201ENST00000345382 4610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 MUC1-228ENST00000620103 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SH2D6-202ENST00000389938 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SERTAD4-201ENST00000367012 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PSD-201ENST00000020673 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 BEX3-203ENST00000372635 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 VAMP1-202ENST00000396308 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 BOLA2P3-201ENST00000404566 256 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC112492.5-201ENST00000421897 457 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 DHDDS-206ENST00000427245 868 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 Z98749.2-201ENST00000428294 700 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ACA64.2-201ENST00000459014 129 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AL354710.2-201ENST00000468244 550 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC133550.2-201ENST00000567731 544 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC068473.4-201ENST00000587527 585 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC233723.1-201ENST00000635921 386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 AC007787.1-201ENST00000588095 1583 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TMEM139-201ENST00000359333 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 NPNT-201ENST00000305572 3003 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 NEFL-203ENST00000619417 1879 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 WARS-232ENST00000556645 2508 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ELFN2-201ENST00000402918 8361 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 NHEG1-202ENST00000432330 1357 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 SLC6A11-201ENST00000254488 4296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CAMKK2-203ENST00000347034 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 FERMT3-201ENST00000279227 2489 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 FERMT3-202ENST00000345728 2481 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 CYP2E1-201ENST00000252945 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 LAP3-211ENST00000618908 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 RNASE1-202ENST00000397967 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 ENO3-206ENST00000519584 1322 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 TP73-213ENST00000604479 1623 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
DKK3Q9UBP4 MROH6-201ENST00000398882 3469 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms