Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 WSPAR-201ENST00000513561 683 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 HNRNPA1P36-201ENST00000521313 955 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC100818.1-201ENST00000524167 563 ntTSL 4 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 RHOG-204ENST00000533217 886 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CD63-214ENST00000552692 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 C14orf178-204ENST00000557011 474 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC015660.1-201ENST00000560103 395 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 RN7SL555P-201ENST00000584742 339 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 COX10-AS1-206ENST00000602743 576 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC090164.2-201ENST00000611487 516 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC068831.1-204ENST00000501381 1621 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 WASH3P-204ENST00000558784 1644 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PCYOX1L-201ENST00000274569 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PUF60-208ENST00000526683 2412 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 TMEM184C-204ENST00000508208 1528 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 FAM120AOS-201ENST00000375412 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 INE2-201ENST00000630399 1874 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 SEPT9-202ENST00000423034 3984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 EXOC7-213ENST00000467929 2260 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP27-208ENST00000528384 2296 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CLIC6-201ENST00000349499 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 WT1-209ENST00000530998 2421 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC009093.2-202ENST00000620513 2079 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 SEC23A-203ENST00000545328 2734 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 ARF5-201ENST00000000233 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 KRTAP19-7-201ENST00000334849 440 ntAPPRIS P1 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PARVG-202ENST00000415224 999 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 MYO16-AS1-201ENST00000439299 580 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC234782.1-201ENST00000451950 919 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 SRSF10-211ENST00000484146 1089 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC125604.1-201ENST00000496255 707 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CDC23-208ENST00000505120 455 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 ORAOV1-211ENST00000542341 775 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 SEC23A-204ENST00000548032 907 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 RANGRF-205ENST00000580434 749 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 DYRK1B-208ENST00000601972 772 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC138696.2-201ENST00000607376 223 ntBASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 KCTD11-201ENST00000333751 2783 ntAPPRIS P1 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CRISPLD2-203ENST00000564567 1651 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 KLHL36-204ENST00000564996 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 STIM2-203ENST00000467011 3925 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 SYVN1-202ENST00000307289 2841 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CLEC18A-209ENST00000615430 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CLEC18C-211ENST00000618957 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CLEC18B-205ENST00000619275 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 ADAD1-201ENST00000296513 1961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 SHC1P1-201ENST00000425230 1745 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC025165.1-201ENST00000356672 2355 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 BPIFB2-201ENST00000170150 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PLAA-205ENST00000520884 2041 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 TRAPPC11-201ENST00000334690 4552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 APRT-201ENST00000378364 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 EVA1A-204ENST00000410071 777 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PUDPP3-201ENST00000445368 636 ntBASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PABPC5-AS1-201ENST00000456187 426 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 RAMP3-202ENST00000481345 559 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 LY6E-208ENST00000520531 490 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PYY-202ENST00000592796 580 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC006064.4-201ENST00000602946 422 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 SMIM22-211ENST00000615889 1047 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 SCGN-202ENST00000377961 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 LUC7L3-202ENST00000393227 2284 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CELF2-206ENST00000608830 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 NEFL-203ENST00000619417 1879 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CHTF18-220ENST00000631357 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 TMEM169-204ENST00000437356 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 GLDC-201ENST00000321612 3900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 MYO1B-204ENST00000392318 5082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 H2AFV-201ENST00000222690 3804 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AL157791.1-201ENST00000553667 1699 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 TMEM139-205ENST00000410004 2114 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 ARL14EP-201ENST00000282032 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CCDC71L-202ENST00000523505 4232 ntAPPRIS P2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CELF4-202ENST00000361795 1853 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 SSR4-203ENST00000370086 643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 EDF1-202ENST00000371648 809 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-13-201ENST00000390602 430 ntAPPRIS P1 BASIC19.21■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.2 ms