Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 ZNF586-203ENST00000396154 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 NBPF9-207ENST00000615421 5835 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC007541.1-201ENST00000570282 1469 ntBASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TPRX1-201ENST00000322175 1924 ntTSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ZNF644-201ENST00000337393 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TCP11L1-201ENST00000334274 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CYP2E1-201ENST00000252945 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 NEK7-202ENST00000367385 4149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 KIF3A-202ENST00000378746 6325 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ARL5B-201ENST00000377275 7196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CAP1-205ENST00000372802 2964 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ARID4B-202ENST00000349213 5811 ntTSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 LINC01136-203ENST00000457348 2539 ntTSL 2 BASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CLCN2-202ENST00000344937 3187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TJP2-212ENST00000636438 4689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 COPS3-201ENST00000268717 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 IRF2BP2-202ENST00000366610 4615 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 DDIAS-203ENST00000525361 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ZNF286A-218ENST00000583566 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC063926.3-201ENST00000624734 5658 ntBASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 SLC52A3-201ENST00000217254 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 FAM86B1-216ENST00000533852 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PRLHR-201ENST00000239032 5446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.93□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 FAM160B1-202ENST00000369248 5810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AL391825.1-201ENST00000457671 1364 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TBC1D26-206ENST00000579428 1583 ntTSL 2 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PCDHGB8P-201ENST00000502926 1973 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 MBD1-211ENST00000585595 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 LAT2-202ENST00000344995 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CDH6-205ENST00000514738 2569 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TRIM72-201ENST00000322122 8500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PTBP1-204ENST00000394601 3185 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 POMK-203ENST00000614426 1527 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 C4orf19-201ENST00000284437 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 IL1RN-203ENST00000361779 1922 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PIMREG-205ENST00000572447 1948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 SOX30-202ENST00000311371 2716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 N4BP1-201ENST00000262384 7106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 EVPL-201ENST00000301607 6614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 REXO1L2P-201ENST00000425429 2069 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 MAGEA8-205ENST00000542674 2084 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 APOBEC3A-202ENST00000402255 1478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 SLAIN1-216ENST00000488699 1461 ntTSL 2 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TBC1D25-201ENST00000376771 4042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 METTL26-204ENST00000397665 558 ntTSL 2 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC098850.1-201ENST00000419919 790 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC087294.1-202ENST00000439136 487 ntTSL 3 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CGB8-201ENST00000448456 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 OARD1-208ENST00000469104 704 ntTSL 2 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC004066.1-201ENST00000502488 802 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC106795.3-201ENST00000511650 547 ntTSL 4 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC104596.2-201ENST00000512793 793 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC123567.1-201ENST00000548294 1261 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 LMO7-AS1-202ENST00000568735 467 ntTSL 3 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC087294.1-201ENST00000580291 1152 ntTSL 2 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 OARD1-216ENST00000628419 1188 ntTSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 STBD1-201ENST00000237642 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 SLC9A7P1-202ENST00000556476 2239 ntBASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 RB1CC1-202ENST00000435644 6614 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 SPG21-203ENST00000433215 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PTPRU-201ENST00000345512 4470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CIART-203ENST00000369095 1433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 OTUD7A-201ENST00000307050 10770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PSMC3-213ENST00000619920 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PSMD2-201ENST00000310118 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TM4SF4-201ENST00000305354 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PAK4-205ENST00000593690 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 JMJD1C-202ENST00000399262 8666 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ALG12-201ENST00000330817 5350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TNR-201ENST00000263525 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 GHRLOS-201ENST00000439539 1708 ntTSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 ISPD-202ENST00000407010 5524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 MAPKAPK3-203ENST00000446044 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PRRT2-207ENST00000572820 2403 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 MARS-233ENST00000628866 2583 ntTSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 PDE4C-207ENST00000594617 4655 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CYTH2-214ENST00000641098 2721 ntAPPRIS ALT1 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 DACT3-203ENST00000410105 3085 ntTSL 2 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 KIF1BP-214ENST00000638119 2537 ntTSL 5 BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 TGFB1I1-202ENST00000394858 1803 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
CCDC140Q96MF4 CD209-207ENST00000593660 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.91□□□□□ -0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67 ms