Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 UBAC2-202ENST00000376440 2525 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 HGNC:18790-202ENST00000421177 4172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SSFA2-202ENST00000409001 4987 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 UBAC2-AS1-201ENST00000426037 1771 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 ACSL3-201ENST00000357430 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 PXN-201ENST00000228307 3785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 HOGA1-202ENST00000370646 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 STRA6-218ENST00000574278 2455 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TPO-203ENST00000346956 2923 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 HYAL2-208ENST00000447092 4054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 LCN15-201ENST00000316144 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 FKBP1B-201ENST00000380986 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 COX11-202ENST00000571584 1108 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC010503.1-201ENST00000596027 520 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 LEF1-202ENST00000379951 3477 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 KIAA1217-206ENST00000376462 6123 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TBC1D25-201ENST00000376771 4042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SLC22A7-203ENST00000372589 2549 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 PIP5K1C-202ENST00000537021 3326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 CISH-202ENST00000443053 2167 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 PDZD3-212ENST00000531114 2996 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 JAKMIP1-205ENST00000410077 1835 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TPRX1-201ENST00000322175 1924 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC093525.2-201ENST00000564543 1944 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 EPHX2-209ENST00000521780 2038 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TJAP1-207ENST00000436109 2572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 ZNF134-201ENST00000396161 4914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 ZNF252P-AS1-201ENST00000527067 3236 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TMEM117-201ENST00000266534 2758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 COL17A1-202ENST00000369733 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 CLCN2-201ENST00000265593 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SNX14-215ENST00000513865 2259 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 CPSF7-202ENST00000394888 3650 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SCNN1D-205ENST00000379116 3044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 COX11-201ENST00000299335 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SLC25A32-201ENST00000297578 2891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 LHB-201ENST00000221421 514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 RAB3IL1-201ENST00000301773 2125 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 NAALADL1-203ENST00000356632 2118 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TCEAL3-202ENST00000372627 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TAGLN-202ENST00000392951 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TCP10-202ENST00000397829 2141 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TMEM147-AS1-201ENST00000444728 487 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 BX322559.1-201ENST00000456613 319 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 MRNIP-220ENST00000523084 1096 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 GABARAPL2-202ENST00000563744 791 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC010327.1-201ENST00000587871 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC011497.1-201ENST00000596781 561 ntTSL 4 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC007787.1-201ENST00000588095 1583 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 RASGRF1-202ENST00000419573 6294 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 PHF8-203ENST00000338946 4651 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 EPHA5-202ENST00000354839 3427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 BUD13-201ENST00000260210 2196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 MPC2-202ENST00000367846 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 KCNJ18-201ENST00000567955 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 POFUT2-214ENST00000615172 2472 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 MICALL1-201ENST00000215957 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 AC092718.8-201ENST00000640345 2892 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 CAP1-205ENST00000372802 2964 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 CPEB2-201ENST00000259997 5612 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 CEP104-202ENST00000378230 6424 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 RCOR3-203ENST00000419091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 GTF2IRD1-203ENST00000455841 3315 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 EPOP-201ENST00000621654 3719 ntAPPRIS P1 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 CRLS1-203ENST00000452938 3859 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 BRF1-205ENST00000440513 2368 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 MAPT-213ENST00000571987 2277 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 ZNF772-202ENST00000356584 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 SPATC1-202ENST00000447830 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 PHLDA2-201ENST00000314222 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 C9orf24-204ENST00000379127 596 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 LNCPRESS1-201ENST00000429254 756 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 TMEM176B-206ENST00000492607 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 GZMH-203ENST00000557220 520 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 PAM16-204ENST00000571941 674 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 MIF4GD-206ENST00000579119 856 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS54Q9P1Q0 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.2 ms