Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 SLC1A6-208ENST00000598504 2987 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 AC009090.5-201ENST00000624886 2285 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC87Q9NVE4 SEC13-208ENST00000397109 1467 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 LHCGR-202ENST00000401907 1477 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 ZNF74-202ENST00000400451 3159 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PIK3IP1-203ENST00000441972 2374 ntTSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 KIAA0391-202ENST00000321130 1589 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC19.27■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 GJB6-202ENST00000356192 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.27■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 MAP6-202ENST00000434603 4329 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 EPN2-201ENST00000314728 4871 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 H2BFM-201ENST00000355016 1882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CES3-203ENST00000543856 3178 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC107871.1-202ENST00000562767 3389 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 SLC27A1-201ENST00000252595 3594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 SHISA5-208ENST00000442747 2250 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 HDAC8-209ENST00000373589 1740 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 SUMO1-204ENST00000409181 784 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 SUMO1-207ENST00000409498 779 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CMC1-204ENST00000423894 549 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC093151.3-202ENST00000445073 709 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CLDN11-207ENST00000486975 1139 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 FAM86B1-218ENST00000534520 808 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AL928654.3-201ENST00000552675 445 ntTSL 3 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AL445483.1-201ENST00000568695 736 ntTSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 MIR3147-201ENST00000577811 66 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC002472.3-201ENST00000640124 621 ntBASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PUDP-202ENST00000412827 1376 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 SCML4-201ENST00000369020 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 EIF2B3-201ENST00000360403 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PRRT2-214ENST00000637064 2153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 NOP14-201ENST00000314262 2889 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 DNASE1L2-204ENST00000567494 1301 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 LINC01667-202ENST00000623919 1422 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PMP22-201ENST00000312280 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 B4GALT3-201ENST00000319769 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC004835.1-201ENST00000428222 2907 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 MAP3K20-203ENST00000409176 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CD83-201ENST00000379153 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 SERPING1-204ENST00000378324 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 DFNA5-202ENST00000409775 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CRYBA4-201ENST00000354760 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PSMB5-202ENST00000361611 1294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 COL5A1-AS1-201ENST00000371813 336 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PTPRF-209ENST00000438120 6377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AL160290.2-202ENST00000448671 574 ntTSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC104784.1-201ENST00000473096 294 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CCKBR-204ENST00000531712 463 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AP003065.1-201ENST00000540912 562 ntTSL 4 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC073573.1-201ENST00000550908 481 ntTSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 C14orf132-202ENST00000553782 536 ntTSL 4 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC100827.2-201ENST00000563214 1194 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AP000346.4-201ENST00000614827 381 ntBASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AL079303.2-201ENST00000555107 2613 ntTSL 3 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PRRT2-207ENST00000572820 2403 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 VPS54-201ENST00000272322 3463 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AL731569.1-201ENST00000428940 3058 ntTSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PCBP2-202ENST00000359462 1814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PPP4R3A-205ENST00000554684 4108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 ARMC8-220ENST00000489213 1714 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 SMO-201ENST00000249373 3738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 ANKFY1-202ENST00000570535 6458 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 CXorf40B-202ENST00000370404 1316 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 WDR45-224ENST00000485908 1301 ntTSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 MZF1-201ENST00000215057 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 GOSR1-201ENST00000225724 6039 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 DRC3-216ENST00000584166 1953 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 INTS11-203ENST00000419704 1798 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 TMEM170A-207ENST00000569540 2331 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 KCNJ14-201ENST00000342291 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 RPH3AL-222ENST00000618002 2578 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 DNAJC16-201ENST00000375838 2357 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 NFU1-201ENST00000303698 1034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC011450.1-202ENST00000358234 573 ntTSL 4 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 FGF14-202ENST00000376143 744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 C6orf136-202ENST00000376471 614 ntTSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 FBXO44-203ENST00000376760 822 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 RHOG-203ENST00000396979 1289 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AC007952.2-201ENST00000399091 1176 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 AL355334.1-201ENST00000417713 215 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 C14orf178-202ENST00000439131 632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
CCDC87Q9NVE4 KLK11-204ENST00000453757 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms